出境食用水生动物检验检疫流程主要包括注册、报检、实施检验检疫、领取单证、离境申报。
（一）注册登记，详见出境食用水生动物检验检疫注册登记许可办事指南。
（二）出口养殖食用水生动物报检业务在产地检验检疫机构检务部门，出口企业应提前7天向所在地检验检疫机构报检，报检时提供注册养殖场出具的《供港澳食用水生动物供货证明》和该注册养殖场的《注册登记证》复印件，并按照检验检疫报检规定提交相关材料。供澳海洋捕捞水生动物应在水生动物出境前3天报检，报检时须提供捕捞渔船《捕捞证》、《船舶登记证》、与出口企业签订的供货协议以及按照检验检疫报检规定提交相关材料。
（三）临床检查。核查货物与报检项目是否相符（包括品种、规格、数量等）。查看《出口食用水生动物养殖场监督管理手册》。询问货主和饲养管理人员该批水生动物有无异常情况。查看各饲养池内水生动物的情况，确认无疫病临床症状。
（四）采样和实验室检验检疫。按照进口国家或者地区的要求和国家质检总局的规定，实施采样和实验室检验检疫。
（五）检疫出证。出口养殖食用水生动物检验检疫合格的，出具《动物卫生证书》、《出境货物通关单》或《出境货物换证凭单》。证书自签发之日起10日内有效。结果不合格的，不予出口。
（六）离境查验。货主或其代理人须向离境口岸检验检疫机构申报，提供启运地检验检疫机构出具的《动物卫生证书》和《出境货物换证凭单》或《出境货物通关单》。接受报检的离境检验检疫机构实施临床检查。
法律依据：《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例，《出境水生动物检验检疫监督管理办法》（质检总局第99号令）
