行政赔偿制度的确立，对于保障公民合法权益，促进社会主义市场经济建设以及防腐倡廉，提高行政效率等都有重要的意义：
第一，确立行政赔偿制度，有利于保护公民、法人和其他组织的合法权益。我国宪法确认了公民在社会政治生活、经济生活和文化生活方面享有广泛的权利和自由，如果国家行政机关及其工作人员行使职权时违法侵犯公民、法人和其他组织的合法权益，遭受损失的公民、法人和其他组织，可以依照有关行政赔偿制度的规定，要求有关行政机关进行赔偿，以维护自己的合法权益。
第二，确立行政赔偿制度，是建立社会主义市场经济的必然要求。党中央在十四提出要在中国建立社会主义市场经济体制。政府对经济的宏观调整主要靠经济手段与法律手段，对于政府大量的经济管理行为中发生的对各种经济实体的合法权益的侵害如果没有相应的国家赔偿制度来调整，相对人的合法权益就没有法律保障，侵害行为得不到应有的惩罚，被侵害的利益得不到救济，建立公正、平等的社会主义市场经济体制也就只能是一句空话。
第三，确立行政赔偿制度，对于防腐倡廉、提高行政效率有积极的推进作用。反腐倡廉是一项系统工程，需多方面的努力才能奏效。行政赔偿制度通过确立国家对违法行政行为的赔偿责任，特别是通过国家对违法工作人员保留追偿权的规定，有助于加强行政机关工作人员的责任感、纠正不正之风和克服官僚主义。另一方面，由于行政侵权所造成的损害首先由国家予以赔偿，这也有助于鼓励国家机关、工作人员大胆处理各种各样纷繁复杂的公务，从而提高工作效率。
最后，确立行政赔偿制度，还助于消除社会不安定因素，维护安定团结的政治局面。如果公民的合法权益受到非法侵害，无法通过正常的法律途径的到公正、合理、及时的解决，就会给社会带来许多不安定因素，留下许多隐患，同时，也会严重影响国家机关的威信、影响正常的社会生活与工作。
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