第一 确认程序的缺陷
当事人要求司法赔偿，必须先确认有关机关行为违法，未经确认不能进入申请程序。确认已经成为受害人获得赔偿的重大障碍。此种“自己任自己案件法官”的作法难以保证结果的公正性，加上法律未对确认期限和不确认责任作出规定，赔偿委员会及其办公室没有确认权，使得相当多的司法侵权事实行为得不到确认。
第二赔偿委员会的性质和设置的缺陷
国家赔偿法关于赔偿委员会的性质没有定位。赔偿委员会是否为法院的审判机构，有何权力，这种既不是审判委员会，也不是合议庭的机构是否常设，单独设置还是合并设置等等涉及司法赔偿案件审判机构的根本问题极不明确。
赔偿法关于中级以上法院内设的赔偿委员会审理司法赔偿案件的规定，与我国现行司法体制不相协调。下级法院经常就案件审理中的疑难事项向上级法院请示汇报。当法院作为赔偿义务机关时，赔偿委员会审理案件的公正性难以保证，也不符合“任何人不得成为自己案件的法官”的法治原则。
审判机关与检察机关在目前司法体制中的地位与职权关系微妙，赔偿委员会也不适于审理检察机关作为赔偿义务机关的案件。作出的赔偿决定也无法强制执行。
赔偿委员会设置在法院系统内导致其功能丧失，影响司法赔偿案件的合理解决。然而，现行赔偿委员会组成人员单一，仅由法院一家人员组成，赔偿决定由法院一家说了算。赔偿裁定是否准确合法，谁来监督?既然宪法规定：人民检察院是法律监督机关，为什么在刑事赔偿案件的审理过程中却没有检察机关依法监督的规定?法律的统一实施落了空。因此，改革现行赔偿委员会制度势在必行。
