在司法实践中，对不起诉的赔偿问题检察机关内部认识不一，与法院分歧较大，笔者认为应具体案件具体分析。
一、绝对不起诉
赔偿法第17条中，属下列情形之一的，国家不承担赔偿责任。1、因公民自己故意作虚伪供述，或者伪造其他有罪证据被羁押或被判处刑罚的。2、依照刑法第l4、15条(新刑法第17、18条)规定不负刑事责任的人被羁押的。3、依照刑事诉讼法第11条(新刑诉法第15条)规定不追究刑事责任的人被羁押的。
上述第3项即涵盖了所有绝对不起诉的情形，显而易见， 绝对不起诉在赔偿法上是免责条款，依法不应赔偿。
绝对不起诉在刑诉法中采取列举式条文，除列举的六种情形外，都不应该作绝对不起诉决定，而是适用撤案(指在检察环节退回公安撤案或退回自侦部门撤案)。但在实践中，以下类型作了绝对不起诉： (1)定性错误型， 以故意伤。害罪逮捕后又确认为正当防卫、紧急避险或意外事件的;
(2)完全无辜型。所涉嫌的犯罪事实并非犯罪人所为的，即张冠李戴;(3)诬告伪证型，因受害人诬告并伪造证据，或出具假的鉴定结论;(4)犯罪构成要件残缺型，如不是特定主体或非情节严重，有些罪名要求情节严重构成犯罪等。这四种类型都容易造成检察机关的错误批捕，但又不属于绝对不起诉中六种情形的任何一种。有人认为在起诉环节要么作起诉决定，要么作不起诉决定，无罪的就应该作不起诉，并且认为应当给予刑事赔偿。笔者认为既然刑事诉讼法对绝对不起诉采取列举式条文，那么除法定的这六种情形外，检察机关无权扩大绝对不起诉的范围。对于上述四种类型的赔偿申请，应该先交由起诉部门依法确认，并作出撤销起诉决定，通知公安机关或检察院自侦部门撤案然后办理赔偿。当然从结果上看，无论是撤案决。还是绝对不起诉的决定，检察机关都应给予赔偿。
二、相对不起诉
相对不起诉是认定犯罪嫌疑人犯罪情节轻微，不需判处刑罚或免除刑罚的情况下作出的，是一种在实体法上有罪，在程序法上未经法院判决，处理上不为罪的情形。这是检察机关为降低诉讼成本，提高诉讼效率而采取的诉讼便宜主义，按照赔偿的无罪赔偿原则，对于相对不起诉，检察机关不应赔偿。
三、存疑不起诉
对存疑不起诉应否赔偿问题，争论最为激烈，认为不应当赔偿理由是：(1)不起诉是检察机关基于案件事实情况而对公诉权的一种处分，并不是无罪认定，是因为事实不清，证据不足作的有条件的不起诉，只是暂挂存疑，是阶段性的结论、(2)它是从保护人权角度的无罪推定，并不等于真的无罪，如果发现新的事实证据，检察机关仍然可以起诉。《人民检察院刑事诉讼规则》第287条即有规定。(3)如在存疑不起诉赔偿后，又发现新证据，最后犯罪嫌疑人被起诉判刑，同一人同一行为又获赔偿又判刑，显然有勃于法律。认为存疑不起诉应予赔偿的理由是：(1)刑事诉讼法第60条规定批准逮捕的条件有两个，其中“有证据证明有犯罪事实”是批准逮捕的实质要件，也就是说批捕的最低要求是最少有一起犯罪事实清楚、证据确实充分，如能有最低限度，也就可以做出相对不起诉，不必赔偿，既然不能作相对不起诉，就应当赔偿。(2)虽然存疑不起诉后发现新的证据可以再起诉，如果三年、五年没有获衰新的证据(赔偿时效规定为2年)，赔偿请求人就失去获得赔偿的权利，并且客观上使赔偿请求。人处在有罪和无罪之间，也违背国家赔偿法立法的本意。(3)我国新刑法、刑诉法确立了罪刑法定原则，疑罪从无原则，因事实不清，证据不足的情况下，在有罪与无罪之间，重罪与轻罪之间，应该认定无罪和罪轻。笔者认为存疑不起诉不能够一概作出定论，赔偿或不赔偿，而要根据个案情况，具体问题具体分析：l、从赔偿原则上看，是违法赔偿原则，只要检察机关故法作出的符合法律规定的批准逮捕决定，即使是后来不能起诉，也不应赔偿，另一方面，不符合批捕条件，逮捕后又未查出新的犯罪事实，就可以认定检察机关有违法行为，应给于赔偿;2、从赔偿范围看，刑事赔偿规定的是错误逮捕，错误拘留给予赔偿，不是以存疑不起诉还是绝对不起诉的类型来决定赔偿;3、从证据情况看，存疑不起诉个案之间差别很大，，因证明方式的局限，证据材料本身也，有很大的不确定性，证明结果难以检验，加之侦查水平，技术条件等多方面因素，造成存疑不起诉原因千差万别，很难归类;4、从司法实践看，对存疑不起诉一律给予赔偿，造成实践中最直接的后果就是批捕率下降，用起诉定罪标准把握“逮捕”这一强制措施，不利于及时、准确、有效地打击犯罪，不利于保障人权。对存疑不起诉一律不赔偿，又将会导致司法机关滥用权力，仅凭一两个证据材料拘、捕嫌疑人，这与国家赔偿法立法本意一一制约和控制国家机关权力相违背;5、从诉讼阶段性看，批捕环节承上启下，上承立案，下启起诉，其证据情况高于立案条件，低于起诉条件，而批捕环节要在七天内，无侦查权的情况下作出捕或二卜捕决定，其决定必定带有阶段性评判特征，在批捕环节不能完全预料批捕后事实发生变化，因此错捕的可能是客观存在的，也就存在刑事赔偿的可能。
