国家赔偿法对司法赔偿程序作出分设的规定。《国家赔偿法》第20条规定：“赔偿义务机关对依法确认有本法第15条、第16条规定的情形之一的，应当给予赔 偿。赔偿请求人要求确认有本法第15条、第16条规定情形之一的，被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机 关提出。”即出现国家赔偿法第15条、第16条规定的刑事案件侵犯人身权、财产权的情形，确认违法与司法赔偿应该适用不同的程序。另《国家赔偿法》第31 条规定：“人民法院在民事诉讼、行政诉讼过程中违法侵权应予赔偿的行为适用刑事赔偿程序”。即在民事诉讼、行政诉讼过程中的违法侵权行为的非刑事司法赔偿 程序，亦适用《国家赔偿法》第20条规定的确认违法与司法赔偿分设的程序。但《国家赔偿法》第9条却规定：“赔偿请求人要求行政赔偿可以在提起行政诉讼时 一并提出”。即确认违法与行政赔偿的程序可以合并，可以不适用《国家赔偿法》第20条规定的程序。综上，除了行政赔偿外，司法赔偿(刑事案件实体、程序中 涉及的刑事赔偿和民事诉讼、行政诉讼过程中涉及的非刑事司法赔偿)均应适用《国家赔偿法》第20条规定的确认与赔偿分设的程序。亦即赔偿请求人申请司法赔 偿，必须先向侵权机关或者侵权机关的上级机关申请对违法行为进行确认，然后才能进入司法赔偿程序。
国家赔偿法将应该是一个程序的确认与赔偿分设为两个程序，在法学理论上和司法实践中遇到诸多问题，具体如下。
一、分解了应该统一的司法赔偿的决定程序
(一)未体现确认违法的司法赔偿性质
确认违法程序解决的是司法赔偿纠纷。设立确认违法程序的目的，就是要查清司法机关违法侵权的事实是否存在，而司法机关违法侵权则是给予司法赔偿，解决司法 赔偿纠纷的基础和前提，属于司法赔偿程序审查的重要内容。又国家赔偿法将确认违法程序作为司法赔偿的前置程序，那么确认违法的条件亦是司法赔偿的条件，故 确认违法程序是整个司法赔偿程序的组成部分，将确认违法程序单独设立，分解了司法赔偿的决定程序。
确认程序无权纠正错误的刑事裁决，并不能成为确认程序可以单设的理由。确认程序无权纠正错误的刑事裁决，所涉及的是确认违法的程序是否能够设立，而不涉及是否能够单独设立的问题。因此，不能以确认程序无权纠错为由，否定确认程序应当遵循的“裁决合一”的司法原则。
(二)违反了一个司法程序解决一个纠纷的司法原则[page]
司法裁决的过程是依据司法程序查清事实、作出裁决以解决矛盾的过程。法院审理刑事、民事、行政等不同性质，一审、二审、再审等不同审级的案件，均需查清事 实，径行作出裁判。司法裁决坚持的是降低诉讼成本，方便当事人诉讼“审判合一”“、裁决合一”的原则。在刑事诉讼案件中，认定被告是否有罪及是否应当判处 刑罚;在民事诉讼案件中，认定当事人是否违约及是否应当承担违约责任;在行政诉讼案件中，认定政府行政行为是否违法及是否应该承担赔偿责任等，均是一个具 有因果关系不能分割的程序，均应一案审理作出相应的裁判。需要指出的是，法律明确规定的确认违法与国家赔偿程序，在行政赔偿诉讼案中可以一并审理;但在刑 事、非刑事的司法赔偿案中，则应分别进行。鉴于行政机关与司法机关的违法应予国家赔偿的性质并无不同，该立法上的不一，是很难作出有说服力的解释的。
(三)分割了司法赔偿程序中的因果联系鉴于确认程序审理司法机关是否实施了违法侵权行为
即审查是否符合司法赔偿条件之“因”，与赔偿程序审理司法机关是 否应该给予司法赔偿、给予多少司法赔偿金额之“果”，原本系应该一并审查的程序，如此规定审“因”的不能审“果”，审“果”的不能审“因”，那么审“因” 的案件就会失去目标;审“果”的案件就会失去前提。况且在审理司法赔偿案件的过程中，由于事物因果关系特有的密切联系，审“因”的仍在审“果”，(确认违 法侵权行为是否存在，不能不审查违法侵权行为造成的损害后果。)审“果”的在重复审“因”，(决定是否应予司法赔偿，不能不审查违法侵权行为。)由此造成 诉讼资源重复消耗，审理案件的质量下降是显而易见的。
二、司法赔偿程序丧失应有的制约作用
(一)赔偿决定程序丧失制约功能
由于司法赔偿程序分设，规定只有确认违法才能进入赔偿程序，所以审理司法赔偿案件，很难发现应予确认而未予确认，从而未能进入司法赔偿程序的案件;至多只 能发现不应确认但已确认，从而进入司法赔偿程序的案件。又由于公安、检察、司法及法院审判庭作出的确认决定具有法律效力，法院赔偿委员会并无可以进行重新 确认，或者否定原先确认结论的法定职权。因此，确认与赔偿的司法程序既不能发挥“因果关系”特有的制约作用，也不能发挥“前后程序”固有的监督作用。由于 规定确认程序有取代司法赔偿程序审查违法侵权的职能，造成司法赔偿程序只需依据确认违法认定的损害后果，然后依据法律规定的赔偿标准算出赔偿数额作出赔偿 决定，如此作出的司法赔偿决定，其中审理案件的成份很小，与财会部门被动地审查报销凭证，决定给予报销的性质有些相似，司法赔偿对确认违法程序应有的制约 功能丧失殆尽。[page]
确认程序无权履行司法赔偿职责。司法机关审理确认违法侵权案件时，发现司法机关确已违法侵权，如果让确认申请人与被申请人(即被要求确认为违法侵权的司法 机关)进 行协调，协调成功具有提前化解司法赔偿纠纷的积极作用。需要注意的是，根据现有的确认与赔偿程序分设的法律规定，在确认程序中协调解决司法赔偿纠纷，则是 一种程序错位，是赔偿程序丧失监督功能的违法典型。
(二)确认违法程序失去制约
确认违法实际上就是确认是否符合司法赔偿条件，本是司法赔偿审查的一项重要内容。确认违法侵权案的质量决定司法赔偿案的质量，审理司法赔偿案不能不审查确 认违法侵权的事实，尤其是要审查有关侵犯人身权、财产权的性质、后果的事实，才能作出正确的赔偿决定。由于决定给予司法赔偿应该具备违法侵权、违法侵权造 成损害等前提，所以在包括确认程序的司法赔偿程序中，对违法侵权及其后果进行审查，实际上就是赔偿程序对确认程序的制约，但这种制约只有在一个完整的司法 赔偿程序中才能发挥作用。而确认与赔偿程序分设、自成体系，赔偿程序必定会丧失对确认程序的制约，其后果如下。
1.对司法机关不予撤销案件的错误失去制约审判、检察、侦查机关的法律文书，只要阐明是“事实不清，证据不足”的，根据有利被告的无罪推定的原则，应该认 为被告无犯罪事实，视作司法机关已经对违法侵权进行了确认，被告被错误羁押的，则应该进入司法赔偿程序。但有的司法机关在作出“事实不清、证据不足”的刑 事裁决之后不予撤销案件，以违法侵权行为所涉案件尚未撤销为由，拒不给予赔偿请求人司法赔偿。该做法的不当之处在于，其一，司法机关确认违法侵权是对一个 已经发生的特定阶段的司法活动所作的定性结论，该结论确认侦查、起诉、审判等阶段造成违法侵权的事实客观存在，不因司法机关是否撤销案件而改变。其二，案 件是否终结，既要依据司法机关的形式上的撤销案件举措，更要依据司法机关实质性的案件终结结论，一旦司法机关作出“证据不足”具有实质性的终结结论，案件 即应撤销。其三，是否撤销案件由司法机关决定，赔偿请求人不应承担该举证责任。以案件尚未撤销为由不予司法赔偿，就是要赔偿请求人承担撤销案件的举证责 任，有悖举证原则。其四，即使案件不撤销，经过补充侦查后能够证明被告有罪，仍可追回赔偿款判处被告刑罚。鉴于法院对其他司法机关不予撤消案件的错误，难 以作出系“为了不予司法赔偿，故意不撤销案件”的判断，所以很难受理尚未撤销的违法侵权案件涉及的司法赔偿案件。[page]
2.对司法机关不予确认的错误失去制约
司法机关对应视作违法的确认不予认可，错误地作出并不违法的确认，与其先前对刑事案件作出的“事实不清，证据不足”的裁决自相矛盾。根据现行法律有关“司 法机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉”的规定，赔偿请求人只能向司法机关的上级机关提起申诉。而在刑事诉讼中，认为确认侵权应采取“构成侵权”的违法原 则，不应采取“疑罪从无”的结果原则，这往往是一些司法机关的共识，故赔偿请求人想通过申诉纠正不予确认的错误困难重重。况且被要求确认的司法机关若不是 法院，就不能向法院提起申诉，也就不能向法院申请国家赔偿，亦即法院不能通过申诉程序纠正其他司法机关不予确认违法的错误。这种不能至法院寻求司法救济的 规定，并不符合各种社会矛盾最终可以通过司法程序解决的现代法制理念。因此，即使法院认为侵权的司法机关已经作出可以视作违法的确认，遂对于其以后作出不 予违法的确认不予认可，从而受理此类司法赔偿案件。但是，由于法院的赔偿决定书上必须阐述该司法机关已违法侵权的观点，如此阐述亦与违法的司法机关作出的 尚未违法的确认互相矛盾、大相径庭，并不能取得好的社会效果。
三、未充分体现对被侵权人的权益的保护
(一)不 利于司法赔偿案件的启动建立告知制度难以落到实处。启动司法赔偿程序与其他程序一样，要在当事人提出申请或者提起诉讼之后，处于被动的地位。在违法侵权行为尚未确认即是否违法侵 权尚未定论之前，司法机关并不能履行告知义务，不能告知当事人可以提出确认违法侵权及司法赔偿的请求。而当事人提出的违法侵权申请被确认之后，由于被侵权 人提起确认违法侵权的目的无非是要求司法赔偿，(在 市场经济条件下，被侵权人仅仅要求确认违法已无可能)其时司法机关履行告知义务为时已晚、并无意义。鉴于被侵权人因不知道可以申请司法赔偿，或者因得悉申 请司法赔偿有一个单独的确认违法的程序，以及确认违法后仍要由违法侵权的司法机关先作出赔偿决定等诸多环节，从而出现不提起确认违法及司法赔偿申请，或者 放弃司法赔偿等情况。
(二)增加了司法赔偿的成本和风险
确认是否符合司法赔偿条件的程序，亦是确定是否具有司法赔偿性质的程序。而司法赔偿程序则是决定国家是否给予司法赔偿、给予多少赔偿金额的程序，亦是最终 作出司法赔偿决定的程序。确认违法侵权与最终司法赔偿均是统一的司法赔偿程序不能缺少的组成部分，将原本属于司法赔偿程序中的确认违法侵权程序和剔除确认 程序的赔偿程序单独设立，将应当一并审查的司法赔偿程序一分为二，规定由不同的司法机关或者由法院不同业务庭审理。程序的分设，审理的分工，势必增加司法 赔偿的成本和风险，并不利于对赔偿请求人受损权益的赔偿。[page]
(三)增加了公正司法的难度
程序公正不能保证，实体公正也就无从实现。效率是程序的公正的重要内容，程序的公正要靠效率来保证。国家赔偿法规定程序和实体两方面的内容，在程序上将确 认违法侵权独立于司法赔偿之外，显然是降低了司法赔偿的效率，增加了司法赔偿实体公正的实施难度。鉴于相当数量的被侵权人放弃或者未获得司法赔偿的原因， 有的畏于明显不利的司法赔偿程序，有的限于不尽合理的司法赔偿程序，并非心甘情愿、毫无怨言。因此，这些被侵权人及其周围的群体，会对国家承诺的保护人权 制度产生怀疑，该情况应当引起足够的重视。
四、影响司法赔偿审判工作的正常开展
(一)司法赔偿案件名不符实地大幅度下降
将涉及司法赔偿性质的确认违法侵权案从司法赔偿案中分离出来，司法赔偿案件必定会名不符实地大幅度下降，出现统计数字不准、审理情况不明的窘况。由于法院 赔偿小组、赔偿委员会审理司法赔偿案件，必须具备违法侵权已经过确认的前提。除了纠正刑事案件的错误羁押的裁决可以视作已确认违法之外，其他案件均要经过 侵权机关的违法侵权的确认，才能进入司法赔偿程序。又由于当事人要求确认违法的案件，并非一定违法侵权。司法机关确认程序结束、确认未违法的案件，则不能 作为司法赔偿案件进入司法赔偿程序。在民事诉讼、行政诉讼过程中要求确认司法机关违法侵权的非刑事司法赔偿案件，最终确认确系违法的案件极少。因此，确系 违法侵权能够进入司法赔偿程序的案件很少，另有大量具有司法赔偿性质的案件，已被确认程序先行排除。可见，具有司法赔偿性质的要求确认违法的案件，因确认 程序单设不能作为司法赔偿案件，导致司法赔偿案件的统计范围狭窄，并不能反映审理司法赔偿案件的真实情况。
(二)审判队伍处于不稳定状态
一项审判业务能够正常地开展，离不开该项审判的一定业务量的保证。由于本应属于司法赔偿的大量确认违法侵权案件，因确认程序的分设作为非司法赔偿的确认案 件审理，导致应由法院国家赔偿部门审理的司法赔偿案件大幅度下降，基层法院甚至是部分中级法院鲜有司法赔偿案件可收，审判人员鲜有司法赔偿案件可审。由此 造成审判人员业务生疏，司法赔偿案件质量不高的局面。又由于确认违法侵权能够进入司法赔偿程序的案件有限，给法院业务庭的分工带来不便。因司法赔偿工作量 过小，法院国家赔偿部门挂靠其他部门，审判人员兼审理其他案件亦是无奈之举。需要注意的是，审判人员一旦审理挂靠部门的其他案件，就难以集中精力做好司法 赔偿工作。审判人员审判能力下降，审判业务受到冲击等，势必影响司法赔偿审判队伍的稳定。[page]
(三)司法赔偿的审理机制存在诸多缺陷
将确认违法侵权的案件与司法赔偿案件的程序分设，规定由不同的司法机关，或者由法院的不同业务庭审理，赔偿程序的分设，审判职能的分离，既不符合“及时”“、方便”“、有效”的司法赔偿的原则，亦给审理机制造成诸多问题。
(即自行审查)违法侵权案件，因被诉违法侵权的司法机关，可能与其管理机关有利害关系，且该种自行确认并不受到 法院的制约，事实上是难以作出公正的确认的。2.规定由法院赔偿委员会办公室负责部分司法赔偿案件的立案工作，尽管这样规定，有界定司法赔偿案件较难及把 好立案质量关的需要等理由，但是系分工错位、立审不分，法院赔偿委员会办公室包办了立案庭的工作。3.规定法院赔偿委员会办公室挂靠行政审判庭(为了增加 赔偿委员会办公室的工作量)，致使赔偿委员会办公室独立工作的能力大大削弱。并会造成与司法赔偿案同样的行政赔偿案国家赔偿案件，适用不同的审理程序，凸 现立法、司法不够严谨、统一。4.规定审监庭审理具有司法赔偿性质的确认违法侵权案件，扩大了审监庭的审判监督范围，减少了赔偿委员会应有的审理司法赔偿 案件的任务，导致法院业务庭不能按照案件的性质审理案件。5.规定让上级法院挂靠行政庭的赔偿委员会办公室，指导基层法院有名无实、联系人在审监庭的理赔 小组的司法赔偿工作，由于上下级法院分管赔偿部门的业务庭不同，给司法赔偿的指导工作增添了不必要的困难。
