建立国家补偿制度首先要解决资金来源问题，对此，各国做法不尽一致，在亚洲，我国台湾地区的补偿经费主要来自法务部和内政部预算，香港特区主要来自社会福利署，韩国主要是来自法务部，日本主要来自警察机构。
检察环节是刑事诉讼的中间环节，检察机关既没有专门资金，也缺乏筹集专门资金的渠道用于刑事被害人国家补偿。因此，检察环节所需的国家补偿资金应当由同级政府财政部门编制预算，专款专用，并接受审计部门的监督。
目前，基于我国的经济水平，补偿基金可通过以下路径获得：
一是国家将一定的财政收入注入到其中。考虑到我国地域辽阔，人口众多，需要补偿的被害人数众多，资金负担沉重，如果把基金的来源统统推到中央财政或地方财政一级，都是不可行的，因此可考虑实行中央和地方分级列项，共同承担，以县级为单位层层列项，级级拨款，设立被害人补偿基金;
二是将部分收缴的罚金和没收的财产的纳入其中。公安和各级法院上交的罚金数额按一定比例注入被害人补偿基金。
三是接受社会捐助。博登海默教授说：“秩序，一如我们所见，所侧重的乃是社会制度和法律制度的形式结构，而正义所关注的却是法律规范和制度性安排的内容，它们对人类的影响以及它们在增进人类幸福与文明建设方面的价值。”
按上述资金的来源方法对刑事案件被害人进行补偿，既体现了公平正义的原则，又有利于安抚被害人的情绪，有利于社会稳定。另外加强对被害人的救济和补偿，做好被害人亲属、亲人的思想工作，安抚被害人受创伤的心灵，可以防止被害人的逆向转化，减少犯罪的潜在因素。
