国家赔偿要通过一定的程序来实现，因此，国家赔偿的程序也是一个重问题，国家赔偿法分别在行政赔偿和刑事赔偿中作了规定。
《国家赔偿法》第九条、第二十条的规定，无论是行政赔偿还是刑事赔偿，均以赔偿请求人先向赔偿义务机关提出赔偿申请，由赔偿义务机关予以确认和先行处理方可进入实质性索赔程序。国家赔偿法事实上赋予了司法赔偿义务机关对违法司法行为的终局确认权。就是说，人民法院的赔偿委员会不享有认定赔偿义务机关的行为是否违法的权利。实践中表明，让赔偿义务机关主动承担并纠正自己的错误是非常困难的。即使赔偿义务机关作出了确认，其确认结果的公正性也难以保证，笔者认为：在行政赔偿中，将违法行为的确认权直接归于国家赔偿的裁判机构，无需进入行政机关先行确认程序。在司法赔偿中只要赔偿请求人能提供公安机关的释放证明、检察机关的不予起诉决定书、人民法院的生效法律文书等确切法律证明文件的，可以不经过确认程序而直接进入实质性的赔偿程序。这样对于监督国家机关及其工作人员依法行政，促进国家机关完善自我约束机制，提高国家管理效率，具有十分重要的意义。
我国国家赔偿制度的建立，是我国实行依法治国方略的重要标志，是我国加强人权保障的重大法治进步。虽然现行《国家赔偿法》有立法上的缺陷和不足，亦有司法实践中司法人员对法律条文的解释不到位的原因。因为我国实行成文法而不实行判例法，因此，要通过我们的司法实践来反映立法上的不足，更多更好地提出意见和建议，不断完善和修改法律上的缺陷，使我国的法律制度不断丰富、完备，使司法机关的司法能力不断增强，真正实现权利义务对等，构建和谐社会主义社会。
