目前企业在申请国家赔偿过程中遇到的困难，究其原因是多方面的，既有主观方面的，也有客观方面的，既有国家赔偿法本身存在的问题，也有法律执行中出现的问题。主要有以下几方面：
相当一部分企业关于国家赔偿法律和权利保护意识比较淡薄，应该申请赔偿而不敢或不愿申请赔偿。同时，也有一些行政机关或司法机关对国家赔偿存在抵触情绪，对该赔偿的不愿赔偿，在法律适用问题上有推卸赔偿责任的倾向。部分地方还还存在赔偿经费落实难、赔偿决定执行难的问题。
国家赔偿法制定时间较早，整部法律内容比较简略，有一些规定遗漏甚至过时。国家赔偿法只规定的违法性这一归责原则，而没有规定过错责任和无过错责任；国家赔偿法规定的赔偿范围小，对国家机关的事实行为和公有公共设施致害行为等新现象没有相应规定，对民事行政司法中的实体性错误也没有规定。
国家赔偿的受理程序复杂，国家赔偿法对行政赔偿规定了单独提出及附带提出赔偿请求两种不同的程序，对于前者还要进行违法的先行确认。对于司法赔偿国家赔偿法也规定了申请、复议、复核几个层级的程序，导致企业申请国家赔偿耗时费力。
