1、是医保卡的应用范围窄，只用于医疗保障范畴，而社保卡应用领域宽，可用于人力资源和社会保障等。
2、是医保卡只能在固定区域内使用，而社保卡执行全国统一标准，全国通用。
3、是医保卡安全等级较低，容易被复制，而社保卡安全等级较高。
基本功能：凭社保卡除了可以在定点医院看病、在定点药店买药外，还可以通过自助服务终端机等查询个人的基本信息和养老、医疗等社会保险缴费情况以及待遇享受情况等。
金融功能：社保卡具有银联功能，可作为银行卡使用，可以存取钱、刷卡购物;通过银行等缴纳各项社保费;领取养老金、失业保险金、工伤职工领取工伤保险等待遇。
扩展功能：我省社保卡是大容量芯片卡，预留了扩展空间，可以搭载社会公共管理事务应用，逐步实现公交、水电煤气缴费以及各项福利、补贴发放等功能。但目前，扩展功能还没有实现。
人社部、财政部联合印发了《关于做好基本医疗保险跨省异地就医住院医疗费用直接结算工作的通知》，明确2017年开始逐步解决跨省异地安置退休人员住院医疗费用直接结算，年底扩大到符合转诊规定人员的异地就医住院医疗费用直接结算。
这次国家异地就医结算系统上线，标志着跨省异地就医直接结算工作已由政策制定和系统开发阶段正式转入落实政策、系统的部省对接和经办试运行的新阶段。
但是，关于医保卡的使用规定各地存在一些差异，并且中国目前也没有实行全国联网，医保卡的使用还仅限于在投保地，所以不能异地使用。
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