(一)统征社会保险费的相关立法滞后
当前，税务部门统征社会保险费的主要法律依据是1999年国务院颁布的《社会保险费征缴暂行条例》，而该条例总体上沿用的是原劳动保障部门的征收模式。税务部门统征社会保险费后，其征收方式按收支两条线管理原则必须进行相应变革，原有模式显然已难适应税务部门统征的需要。比较而言，税务部门统征社会保险费的实践已在很大程度上超越了其立法进程，相关立法的滞后导致税务部门统征社会保险费缺乏全面和完整的法律规范，并造成税务部门在实际征收工作中缺乏有力的法律约束措施。社会保险费虽然由税务部门征收，但并没有赋予税务机关法律规定的社会保险费征缴手段，税务部门很难象适用税法那样采取诸如冻结账户、银行扣款、查封资产等征缴措施，一定程度上存在的税务部门征收只是代征的局面并没有得到根本改变。这就不仅给税务部门统征社会保险费带来了难度，而且还严重制约了社会保险费征缴率的提高和征管力度的加强。
(二)统征社会保险费的各项制度尚需进一步健全和完善
首先，统征社会保险费还存在各险种缴费基数口径、参保范围不同等问题。社会保险费各险种缴费基数构成口径的不统一和各企业、机关事业单位间参保范围的不同，直接带来了企业、机关事业单位间的费负不均，不仅不利于公平竞争和劳动力的合理流动，而且还影响了缴费人的积极性和统征制度的规范。
其次，社会保险费欠费问题依然突出，征缴面扩大尚有一定困难。虽然该市税务部门有针对性地采取了多种强化清理欠费的措施，但欠费问题依然突出，欠费管理办法和制度急需进一步改进和完善。目前，五个险种都存在欠费问题，尤以养老保险和失业保险最为突出。
第三，统征社会保险费的征管流程尚需进一步规范。虽然“税费同步征管”制度和模式的推行，确保了社会保险费在征管流程上的初步规范和有效运行，但是，社会保险费的征管离科学化精细化管理的要求还有较大差距，尤其是目前社会保险费核定权和征收权的分离，税务部门在扩大覆盖面、核实缴费基数等方面就很难解决在征收前就可能存在的“跑、冒、滴、漏”等问题，不仅影响了缴费的快捷性，而且也影响了缴费人的积极性。
(三)统征社会保险费的运行保障机制有待进一步加强
首先，部门权责尚未有效协调。就目前而言，虽然社会保险费的征收主体已明确规定可以是税务部门，有关法律和规定已从宏观层面对部门权责进行了界定，但由于统征涉及的部门较多，客观上依然存在着交叉管理严重、权责脱节、管理成本相对较高等现象，有的甚至限制了税务部门征收职能的充分发挥。[page]
其次，统征社会保险费的社会宣传力度不够。社会保险费的统征，在税务部门内部已基本做到了思想认识统一，工作目标和重点明确，组织领导保障有力，但仍然存在社会宣传不够深入，形式较为单一，内容不够丰富和充实，缺乏强大的社会舆论氛围等不足，致使有的单位和个人对社会保险费的知识知之甚少，思想意识不高，难以及时、自觉纳费，客观上给征收工作增加了难度，影响着社会保险费收入的均衡入库和征缴管理。
第三，信息化建设不能很好地满足统征社会保险费的需要。虽然该市税务部门在统征社会保险费的信息化建设方面已取得重大进展，但是依然存在着基础信息收集难、各部门间信息不对称、部门协调机制不完善、欠费催缴方式与管理信息系统不匹配等问题。
