各地要认真总结试点单位的好做法，积极进行农民个人缴费方式的探索，充分发挥基层组织的作用，建立稳定的筹资机制。如果农民个人自愿，经村民代表大会讨论同意，可以由村民自治组织代为收缴农民的个人缴费。要加强基金管理，做到专户储存，专款专用，严格实行基金封闭运行，确保合作医疗基金和利息全部用于参合农民的医疗补助。要建立健全既方便农民又便于监管的合作医疗审核和报销办法，实行基金使用管理的县、乡、村公示制度，把合作医疗报销情况作为村务公开的重要内容，探索农民参与监督和民主管理的长效机制，保证农民的知情权和监督权。要加强对合作医疗基金管理和使用的专项审计，发现问题，及时纠正。
１、所覆盖的对象不同。
职工医疗保险是城镇所有用人单位，包括企业（国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等）、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加。乡镇企业及其职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员是否参加基本医疗保险，由各省、自治区、直辖市人民政府决定。
新农合必须是有农村户口才可以办理。
２、缴费主体不同。
职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，建立医疗保险基金。
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
３、缴费方式不同。
而医疗保险具有强制性，是单位和职工共同缴纳的，并需要缴纳时间达到一定的年限。
新型农村合作医疗是农民自愿参加，而且必须以家庭为单位整户参加，且需要每年办理参保缴费手续。
４、缴费标准不同。
职工基本医疗保险缴费和个人工资有关，按照相关规定的比例标准缴纳，分为几档可以选择，一般单位承担８％，个人承担２％。职工医保的缴费标准远高于新农合。
新型农村合作医疗的缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，不同的省市，因为经济水平的不同，缴费标准有所不同，具体金额可拨打当地社保局电话12333进行免费咨询。小保这里新农合今年缴费是150元。
５、报销比例不同。
职工基本医疗保险参保人拥有个人账户，定期会有费用划入，报销比例较高，有起付标准，限额较高，医疗费不封顶。职工基本医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
新型农村合作医疗没有个人帐户，报销比例也比职工基本医保要低，限额较低，并且是一年一参合，参合本年度享受的报销。
６、报销范围不同。
新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，到市级以上医院报销比例相对社保较少，但两者都是随着医院的级别升高而降低。
１、医疗费用实行现场报销，由定点医疗机构按规定在收费时进行减免，由医院开具报销发票；
２、等待出院通知；
３、将病历（加盖医院公章）；
４、由医院开具费用汇总清单、医院等级证明、诊断证明、医保卡等报销部门需要的其它资料；
５、等待医院按月对减免情况进行公布，接受群众监督，通过后即可报销；
６、参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。
相关法律依据：
《社会保险法》
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。 享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
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