如果主合同已经实际履行，主合同及补充协议均有效。主合同尚未生效，补充协议内容可独立履行的，补充协议有效；不能独立履行的，效力待定。
主合同与补充合同一般不会同时产生，应该会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。所以，补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同基本关系。当然，主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。正因为如此，补充合同的编号往往是以主合同为依托而表达的，如××××号合同补1、补2……，这是强调二者主从关系的实质体现。在日常合同管理过程中，正因为有了补充合同这种特殊形式，所以能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行，因为时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质，如果仍以主合同的原条款为准执行，那么就失去了补充合同存在的意义。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
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