中华人民共和国海事局根据《中华人民共和国公民出境入境管理法》的授权负责海员证等出入境证件的签发管理工作。目前，全国有20家海事机构负责海员证的签发工作。
2001年6月1日，海员证签发机关开始使用新版海员证管理信息系统(以下简称CMIS2000)软件进行海员证的签发工作，完全实现海员证办证前的信息查询和办证后的数据上传，这标志着海员证管理信息系统实现了全国联网。
海员证管理信息系统(CMIS2000)的正式运行，使我们管理手段上了一个新台阶，提高了海员证的跟踪管理水平，实现了随时查询和统计，做到海员证管理信息资源共享，提高了办证速度，对打击伪造海员证，加强船员管理，促进海员合理有序流动将起到积极作用，为海事信息系统船员管理子系统的建设打下了良好的基础。
