(1) 因时效届满而消灭。以上已经论及，即1年的除斥期间，具有船舶优先权的海事请求，自优先权产生之日起满1年不行使的， 其优先权消灭。60日的除斥期间，船舶转让时，法院可以应受让人的申请予以公告，如果优先权人自公告之日起满60日不行使船舶优先权的，该船上所附的船舶优先权即告消灭。
(2) 因船舶灭失而消灭。包括船舶拆解和船舶沉没。因为，船舶优先权的标的是船舶，船舶灭失，船舶优先权当然随之灭失。
(3) 因法院拍卖而消灭。
如果除斥期间届满前，产生船舶优先权的船舶被扣押或扣留，并导致船舶的强制出售，即由法院拍卖，则船舶优先权随之消灭。因为任何对船舶的强制出售，必须导致对船舶强制出售所得的分配，法院肯定要在分配前进行公告，如果船舶优先权人不向出售船舶的法院或者有关当局登记，则在强制出售并分配出售所得后，法院将发给购船人船舶无债务的证明。
船舶优先权的消灭对海事关系的各方面将会产生一定的法律后果：首先，对船舶优先权人来说，船舶优先权消灭后，有的海事请求人经过强制售船程序而使自己的债权得到了偿付，而有的海事请求权人则因为各种原因未能行使优先权，从而未能实现债权。其次，对于海事请求债务人来说，如果船舶优先权人的债权通过强制售船得到了满足，即船舶所有人的财产用来偿付他人债务，则船舶所有权人必然要向其追诉代偿款项。如果船舶优先权人未能收回债权，则海事请求债务人将直接面对海事请求人的追诉。
