依照我国民法的物权理论，所有权的取得分为原始取得和继受取得。财产没收属所有权取得中的原始取得。海商法系民法之特别法，学者大多认为船舶被没收后，原船舶所有人的所有权即归消灭，则附着在被没收船舶上的一切担保物权包括船舶优先权将归于消灭。国家没收船舶后依法将被没收的船舶拍卖，买受人取得的是一艘干净、清洁的船舶。
就此海商法界似乎仍存疑义，尤其是对国家机关的拍卖与司法机关的拍卖之间的异同似未辨清。为此，在1996年的海商法研讨会上，专设“公安、边防、海关等以走私的名义没收船舶进而拍卖，船舶优先权是否消灭?”议题。我国近来有人提出，行政没收、刑事没收后的船舶拍卖不能消灭船员工资优先权。同时也已有案例表明，船舶被国家机关没收后，船员工资的优先权并不消灭的观点为实务工作者所采纳。那么进一步推而广知，其他船舶优先权及同类性质的担保物权如船舶抵押权、船舶留置权也将没有理由被认为会因船舶的被没收而消灭。笔者对此不能苟同，在船舶被国家机关没收后，无论何种性质的担保物权包括船舶优先权将因国家没收原始取得船舶的行为而消灭。
首先，有人认为，我国海商法29条仅规定了因除斥期间的经过、船舶被法院强制出售、船舶灭失三种情形可以消灭船舶优先权，故国家有关机关在没收船舶后的拍卖不能消灭船舶优先权，因此种拍卖欠缺程序上的正义性。其实，上述立论在逻辑上是错误的，船舶优先权作为担保物权消灭的缘由在于船舶被没收国家原始取得船舶的行为而非没收后的拍卖行为。
还有人认为，海商法根本没有规定船舶被没收系船舶优先权消灭原因之一，故船舶优先权继续存在于被没收的船舶，无论该船舶被没收后是否被没收机关拍卖。笔者认为，这种观点系机械法律论在海商法上的表现，船舶被没收从民法上讲直接导致国家原始取得船舶的所有权，依原始取得的法理，一切担保物权包括船舶优先权归于消灭;从海商法方面讲，船舶被没收的直接的后果是船舶的灭失。物的灭失有两种，一为事实上的灭失，一为法律上的灭失，海商法29条规定的船舶灭失解释上应包括了上述两种情形。但遗憾的是，我国所有的海商法教科书未提到船舶法律上灭失包括在了海商法29条规定的船舶灭失中。
其次，如果船舶被没收后船舶优先权并不消灭的话，正如前述，船舶抵押权、留置权也没有被消灭的理由。基于这些船舶担保物权受偿的优先性，在国家机关将没收船舶拍卖后，担保物权人享有优先受偿的权利。则，行政法规设立“没收”的目的无以达致;同时，船舶所有人将充分利用这一规定，在从事违法行为前肆无忌惮地设定抵押，变本加厉地拖欠船员工资，即使船舶被没收，船舶所有人也不必以其所有的其他财产来偿还上述债务。这样，从法律实施的效果看一方面关于没收之行政处罚规定徒以虚设;另一方面则为鼓励非法行为。[page]
船舶被国家机关没收后并不排除将被没收的船舶加以改造，由国家机关用以从事公务。此时，船舶已非海商法意义上的船舶，如果肯认船舶优先权不因船舶的被没收而消灭，则此种船舶优先权又如何行使?海事法院有否权力去扣押现从事国家公务的船舶?
再次，尽管我国台湾地区有学者认为，对于不知情的船员，从事违法行为的船舶被没收后，船舶优先权仍然存在;⑿但我国台湾地区行政法院的判例却更具有比较考量之价值。该院六十一年判字第五六五号判例：私运货物进口、出口，系指逃避管制或课税，私将货物运入或运出口岸而言。其私运行为人，不问是否为货物之所有人或持有人。至私运货物之车辆，并非必须为私运货物之人所有，始能予以没收，亦不因车辆所有人不知为私运而免予没收，苟其车辆当时确系专供私运货物而使用，即为得予没收之对象，其所有权之谁属及车主是否知情，要非所问。由上可知，纵被没收物为他人所有及不论是否知情均可予以没收，被没收物原所有人之所有权随之消灭。而所有权为完全物权，优先权及抵押权为定限物权，所有权尚且消灭，更何况优先权与抵押权!
最后，行政法赋予国家机关以没收私人财物的权力，系维护社会公共利益的需要。这里的社会公共利益是指国家在政治、经济、文化、环境等各方面的利益，并不仅仅是政府的经济利益，如税收;没收也不同于征收或征用，尽管都是出于公共利益的需要，但在国家征收或征用的场合，被征收或征用财物的所有权人并未有任何的违法行为，仅是特定情况下私人利益让位于公共利益，故国家需给予被征收或征用的财物的所有权人甚至利害关系人一定的补偿;而没收发生于被没收物的所有权人或其他人利用被没收物实施违法行为的场合，如海关法第82条、渔业法第38条、41条。实施严重违法行为的船舶可被国家没收系从物质上剥夺违法行为人再次违法的能力，从经济上对违法行为人的一种惩罚，以此种法律明示的惩罚措施来给其他具有违法倾向的人以一种“违法预期”，从而达到维护社会公共利益的目的。任何的变相剥夺、限制国家机关此种权力的立法将是不可思议的。
民法的基本作用在于利益衡量，利益衡量的必要性及原因在于不同利益之间发生冲突的必然性，在以权利为基础所建立的正义与以市民社会整体利益为基础建立的整体秩序一旦发生冲突时，民法所做的，当然是舍弃公正而保护秩序，这是一个历史事实。质言之，当船舶优先权人的正当权利与社会公共利益的维护发生矛盾、冲突时，海商法作为民法之特别法，正当的选择只能是公共利益的维护，即船舶被没收后船舶优先权消灭。
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