一、审理保理合同纠纷案件中主要存在的问题
1、性质模糊：合同性质认定和案由确定各异
目前，从国外的法律理论及实践来看，主要有委托代理说、债权质押说、债权让与担保说、债权转让说等观点。
由于对保理合同性质认识不统一，现行法律又缺乏规定，最高法院于2011年颁行的民事案由相关规定中也没有保理合同这类案由，因此不同法院会使用不同的案由，如“金融借款合同纠纷”、“债权转让合同纠纷”、“金融衍生品种交易纠纷”、“合同纠纷”或“其他合同纠纷”等。
2、法律空缺：保理合同纠纷案件的规制困境
我国的保理法律制度极不健全，没有专门或专章法律规定，现行的规定只是行业性和地方性规范。
从法律层面看，《合同法》并无专章规定，《民法通则》、《物权法》也无涉及，最高法院也未制定专门的司法解释指导审判实践;从行业规范层面看，目前有《中国银行业保理业务规范》和《中国银行业保理业务自律公约》;
从地方规范层面看，目前仅上海、天津两地制定了相关规定，但行业规范和地方规范多是行政性规定，缺乏对保理业务法律权利义务的界定和规制。
从国际公约和惯例来看，主要有以下三方面的规范性文件：
(1)由国际统一私法协会制定的《国际保理公约》，这是迄今国际保理领域唯一的一部专门性国家公约;
(2)属国际惯例性质的国际保理商联合会(FCI)制定的《国际保理通则》;
(3)由联合国国际贸易法委员会制定的《国际贸易中的应收账款转让公约》，但我国并未加入上述两个公约，根据《民法通则》的规定，只能适用其中的惯例，即《国际保理通则》。
由于相关法律缺失，在审理保理合同纠纷案件过程中，只能适用散见于其他法律中的有关规定，法律适用难以统一。如前述三个案例中，案例一适用的是《国际保理通则》，案例二适用的是《合同法》和《物权法》，案例三适用的是《民法通则》。
3、地位不明：当事人诉讼地位难以确定
保理业务至少涉及到三方法律关系，[即保理商与供应商的保理合同关系，供应商与债务人的买卖合同关系，以及保理商与债务人的债权债务关系。因此，在诉讼过程中，由于诉请不同，或涉及保理合同关系，或涉及债权债务关系，三方当事人的诉讼地位也会不同，实践中没有统一做法。
保理商或供应商在开展业务中权益受到损害起诉到法院，可能将保理合同的另一方当事人作为被告，如案例一，也可能将债务人作为被告，也可能将前述两人作为共同被告。
4、争议不定：理解认识存在差异
由于前述的合同性质模糊、法律缺失等问题，导致审理保理合同案件时存在法律争议。如因债务人与供应商的另外一笔交易导致债务人向供应商提出索赔而产生争议，债务人的这种反索赔与抗辩、抵消一样，属于因合同纠纷争议引起的应收账款不能收回的情形，保理商据此可以对供应商行使追索权。但由于对这一法律争议的理解和认识不同，一、二审法院的判决大相径庭，二审将一审的结果完全改判。
争议焦点如是保理合同的通知效力问题，由于保理商和供应商对债权转让通知义务的履行理解错误，保理商在央行应收账款质押登记系统中的登记行为和供应商仅发出《更改付款账户申请》的行为，均未正确履行债权转让的通知义务，致使保理合同对债务人无效。
二、保理合同纠纷案件审理困境下的探析和建议
1、明确保理合同的法律性质
保理合同是一种有着突出商业惯例特点的债权转让性质的合同，因为从保理业务的运作和权利义务来看，供应商将债权转让给保理商，保理商支付了融资款作为对价，并明确告知债务人将应收账款支付给保理商，保理商对债务承担信用风险责任，符合债权转让的法律特性。但由于保理是在国际贸易中产生和发展起来的，它又区别于一般民事债权转让，带有浓厚的商业操作惯例。
2、单独设立保理合同纠纷案由
由于缺乏独立的案由，目前的保理合同纠纷案件分散在各类子案由下，既不利于统计分析保理业纠纷的特征和相关案件数量的变化情况，也不利于进行系统的案例分析和裁判规则指引。应及时设置保理合同纠纷案由，只要是涉及保理合同方面的纠纷都应纳入于此。
3、统一适用的法律规则
在“立法真空期”，审判实践中可依据案件不同争议类型适用不同的法律规则。对于国际保理合同纠纷案件，应首先依据合同当事人协议选择处理争议所适用的法律;若当事人没有选择，则适用保理商所在地的法律。对于国内保理合同，应首先以合同当事人约定的具体条款来确定权利义务，再基于特别法优于一般的原则，适用《合同法》总则的有关规定，若是仍无法可据，可以适用《民法通则》或根据案情适用《国际保理通则》。
4、明确当事人的诉讼地位
一般而言，保理商在未受偿的情况下会将供应商、债务人均设为被告，行使追索权，如案例二、案例三，但若起诉其中一方，法院有必要将另外一方作为无独立请求权的第三人加入到案件的诉讼中来，以便查明案件事实。供应商或债务人提起诉讼时，可能只依据保理合同或买卖合同起诉相对方，此时可根据案件实际情况考虑是否追加第三人。在隐蔽型保理合同纠纷中，有关融资与费用的清算在供应商和保理商之间进行，若有必要查清买卖合同关系的基础事实、履行情况等，应将债务人作为第三人予以追加。
5、合同效力的认定问题
在案件审理过程中，对保理合同的效力认定要进行实质性审查，结合基础买卖合同、应收账款的性质、融资款项以及当事人的合同权利和义务等作出认定。对于缺乏真实、合法的基础买卖关系或保理商不具有从事保理业务经营范围的，应认定合同无效;但对基础买卖关系被解除、被撤销，或对债务人不发生效力，或应收账款不具有可转让性的，一方提出撤销合同，法院应予支持。对于无效合同或被撤销的保理合同，保理商可以要求供应商归还融资款，并依据责任赔偿相应的利息损失。
6、通知效力及追索权的行使问题
公开型保理只有将债权转让的事实明确通知至债务人才对债务人发生效力，这是保理商对债务人主张权利的关键。无论通知主体是谁，通知的形式如何，只有债务人做出明确知悉该债权转让事实的意思表示，或者债务人已实际向保理商履行还款义务的，才能认定通知有效。对于无追索权保理合同，一旦债务人提出抗辩或抵销权等使债务无法得到清偿时，保理商仍可向供应商行使追索权。
