根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
施工合同协议应该包含一下几项内容，甲乙双方的名称、施工的内容及施工、施工方式、施工工程价款的支付方式、施工期限、工程计价和结算、违约责任以及其他事项。其中一般是在施工内容及范围，价款的支付方式和计价结算方式这三个部分，针对原施工合同作出修改和补充。
目前我国的《建设工程施工合同》借鉴了国际上广泛使用的FIDIC土木工程施工合同条款，由国家建设部、国家工商行政管理局联合发布，主要由《协议书》、《通用条款》、《专用条款》三部分组成，并附有三个附件：《承包人承揽工程项目一览表》、《发包人供应材料设备一览表》、《工程质量保修书》。
建设工程施工合同的主要内容包括以下几项：
1、工程范围。
2、建设工期。
3、中间交工工程的开工和竣工时间。一项整体的建设工程，往往由许多的中间工程组成，中间工程的完工时间，影响着后续工程的开工，制约着整个工程的顺利完成，在施工合同中需对中间工程的开工和竣工时间作明确约定。
4、工程质量。
5、工程造价。工程造价因采用不同的定额计算方法，会产生巨大的价款差额。在以招标投标方式签订的合同中，应以中标时确定的金额为准；如按初步设计总概算投资包干时，应以经审批的概算投资中与承包内容相应部分的投资（包括相应的不可预见费）为工程价款；如按施工图预算包干，则应以审查后的施工图总预算或综合预算为准。在建筑、安装合同中，能准确确定工程价款的，需予明确规定。如在合同签订当时尚不能准确计算出工程价款的，尤其是按施工图预算加现场签证和按时结算的工程，在合同中需明确规定工程价款的计算原则，具体约定执行的定额、计算标准，以及工程价款的审定方式等。
6、技术资料交付时间。工程的技术资料，如勘察、设计资料等，是进行建筑施工的依据和基础，发包方必须将工程的有关技术资料全面、客观、及时地交付给施工人，才能保证工程的顺利进行。
7、材料和设备的供应责任。
8、拨款和结算。施工合同中，工程价款的结算方式和付款方式因采用不同的合同形式而有所不同。在一项建筑安装合同中，采用何种方式进行结算，需双方根据具体情况进行协商，并在合同中明确约定。对于工程款的拨付，需根据付款内容由当事人双方确定，具体有如下四项：预付款；工程进度款；竣工结算款；保修扣留金。
9、竣工验收。对建设工程的验收方法、程序和标准，国家制定了相应的行政法规予以规范。
10、质量保修范围和质量保证期。施工工程在办理移交验收手续后，在规定的期限内，因施工、材料等原因造成的工程质量缺陷，要由施工单位负责维修、更换。国家对建筑工程的质量保证期限一般都有明确要求。
11、相互协作条款。施工合同与勘察、设计合同一样，不仅需要当事人各自积极履行义务， 还需要当事人相互协作，协助对方履行义务，如在施工过程中及时提交相关技术资料、通 报工程情况，在完工时，及时检查验收等。
因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，施工人应承担以下责任：
1、无偿修理或者返工、改建。这是违约责任中的实际履行责任。承包人根据不合格工程的具体情况，予以或修理或返工或改建，使之达到合同约定的质量要求。承包人修理 、返工、改建所支出的费用，均由其自行承担。
2、逾期违约责任。即因承包人的原因使工程质量不合格的，虽经承包人修理、返工、改建后，达到了合同约定的质量标准，但因修理、返工、改建导致工程逾期交付的，与一般的履行迟延相同，承包人应当承担迟延履行的违约责任，赔偿发包人因此而遭受的损失。
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