对于因分期履行的借款合同而生的债权，其诉讼时效应按每一期的期限届满日分别起算还是从最后一期届满后起算，存在争议。
一种意见认为，根据《民法通则》第137条的规定，诉讼时效期间应从权利人知道或应当知道自己的权利受到侵害之日起开始计算，故对于约定分期偿还的借款合同，应从每一次的偿还期限届满之日分别开始计算诉讼时效期间。
另一种意见认为，对于同一笔完整的借款，虽然规定了不同的偿还日期，但诉讼时效期间仍应从最后的偿还日期开始计算，否则将一个完整的法律关系割裂开来，不利于保护债权人的权利。
从理论上讲，分期履行的债权，分为定期给付债权与分期给付债权，前者为数个各自独立的债权，在一定期间内反复继续的发生而为给付，如租赁合同中按期收取租金的债权；后者为一个独立的债权，分数期而为给付，如按期还款的借款合同、分期付款的买卖合同。对于定期给付债权，由于其是因租赁、承包等连续性合同而产生的债权，债权是一再发生的，经过每一确定期间即产生一新的债权，数个债权之间是独立的，所以对该债权的请求权的时效期间，自各该债权履行期限届满之次日起分别计算。合同未到期而终止的，仅发生对已经过的期间的费用的请求权，违约人可能会承担违约责任，但不必支付未经过期间的费用：而对于分期给付的债权，在约定分期付款的借款、买卖等继续性合同中，尽管合同约定的是分期履行，但债权是确定不变的，其义务内容是作为一个整体构成了相对人的权利内容，权利人基于该合同所享有的权利同样也是一个整体的合同权利，其主张合同权利也是对整体权利的主张，每一确定时间的经过即发生债权数额的减少，所以，对该债权的请求权的诉讼时效期间，应自债务履行期限全部届满后次日起起算。合同未到期而终止的，债务人应清偿所有未支付的债务。也有学者对此提出质疑，认为由于分期给付债权的标的虽然是一个，但标的物是可分的，所以分期给付债权虽然基于同一合同所约定的债权是一个整体，但在合同约定分期履行的情况下，实际是将整体的债权分为若于个数额、履行期限，甚至是法律后果互不相同的、相对独立的债权。债务人应当在各相对独立的债务的履行期限届满时履行义务，否则构成违约，亦即构成对债权人相对独立的这部分合同权利的侵犯。根据《民法通则》关于诉讼时效自知道或应当知道权利被侵害时计算的规定，应按每笔相对独立的债权履行期限届满时分别起算。
笔者认为，根据最高人民法院2004年4月6日，针对云南高院的批复法函〔2004〕22号《关于分期履行合同诉讼时效期间应如何计算问题的答复》：对于分期履行合同的每一期债务发生争议的，诉讼时效期间自该笔债务履行期间届满之日的次日起算。因此，应当认定在借款合同约定分期履行的情况下，实际是将整体的债权分为若干个数额、履行期限，甚至是法律后果互不相同的、相对独立的债权。根据《民法通则》关于诉讼时效自知道或应当知道权利被侵害时计算的规定，应从每笔相对独立的债权履行期限届满时分别起算。尽管该批复是针对云南高院《关于继续性租金债权的诉讼时效期间如何计算的请示》作出的，但对于分期履行的借款合同诉讼时效的起算仍然适用。
另外，在对诉讼时效的起算存在分歧的情况下，还应当从保护债权人权利的角度考虑诉讼时效期间的起算问题，尤其对金融债权的保护更应如此。
