1、单证纠纷。
单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷。
2、货物损失、灭失的纠纷。
该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险。
3、延迟交付纠纷。
这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷。
4、运杂费纠纷。
这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷。
5、运输工具损害纠纷。
这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。
货物运输中产生纠纷其中不仅牵涉货物运输法，还往往涉及代理法、合同法等诸多法律。
解决物流运输合同纠纷一般有四种途径，即当事人协商解决、调解、仲裁和诉讼。
1、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
2、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
依据我国合同法的规定，因运输合同产生纠纷的，运费损失是不是应该支持，由具体的情况而定。
第三百零四条 托运人办理货物运输，应当向承运人准确表明收货人的名称或者姓名或者凭指示的收货人，货物的名称、性质、重量、数量，收货地点等有关货物运输的必要情况。
因托运人申报不实或者遗漏重要情况，造成承运人损失的，托运人应当承担损害赔偿责任。
第三百一十四条 货物在运输过程中因不可抗力灭失，未收取运费的，承运人不得要求支付运费；已收取运费的，托运人可以要求返还。
第三百一十五条 托运人或者收货人不支付运费、保管费以及其他运输费用的，承运人对相应的运输货物享有留置权，但当事人另有约定的除外。
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