实践中经常会因为技术开发合同中对于研究开发费用以及报酬这一条款约定不明，或者对其结算方式、支付方式约定不明而产生不必要的纠纷。那么当事人到底应当怎样选择合适的计算方法和结算、支付方法呢，下面具体就这三个方面进行分析。
一、当事人双方应当明确写明合同研究开发经费的总金额，以及研究开发经费和报酬的来源，如果是合作开发，应明确双方分担经费的数额并在合同中分别写明。
二、技术开发合同经费结算方式主要有两种：一是经费包干，实行经费包干使用，研究开发方的报酬应包含在结余的研究开发经费中，委托方不另行支付报酬;二是实报实销，实行该结算方式，双方当事人应在合同中约定，当研究开发经费不足时，委托方应补充支付;当经费出现剩余时，研究开发方应如数返还;同时还应明确约定，研究开发的报酬数额，支付的形式和时限等。
三、当事人还应当明确约定合同价款的支付方式。当事人可以协商议定采取一次总算、一次总付或一次总算、分期支付;也可以采取提成支付或者提成支付附加预付入门费的方式。约定提成支付的，可按照产品价格、实施技术后的新增的产值、利润或者产品销售额的一定比例提成，也可按照约定的其它方式计算。除此以外，最好明确约定是现金支付还是信用卡等方式支付。
