两者主要区别如下：
1、当事人之间权利义务的关系不同
合作开发合同，当事人之间的权利义务是平行的，即当事人都承担类似的义务，又都有权请求和监督另一方履行相应的义务。
委托开发合同，当事人之间的权利义务是相对的，这与一般的双务合同相同，即委托人的主要义务也就是研究开发人的主要权利；研究开发人的主要义务即委托人所享有的权利。
2、当事人进行研究开发工作的方式不同
合作开发合同的当事人共同参加研究开发工作，具体表现为，合作各方可以共同进行全部的研究开发工作，也可以按合同的约定进行分工，分别承担不同阶段或不同部分的研究开发工作。
委托开发合同，则是一方进行物质投资和经费投入，另一方从事研究开发。
与此相联系，二者的合同主体也不同。合作开发合同，当事人各方大多为专门从事研究开发工作的科研单位，而委托开发合同，则一般是科研单位与企业之间的合作。
3、合同当事人签约目的不同
合作开发合同，当事人之间的权利义务关系是共同的，各方的目的是一致的，通过研究开发取得的成果是共有的，可以是共同共有，也可以是按份共有。
委托开发合同，委托人提供投资供另一方研究开发，其目的是为获得研究开发成果，用于其生产领域，获取经济效益；研究开发人从事研究开发工作的目的是为了获取报酬。委托开发合同的成果所有权依合同的约定在当事人之间进行不同程度的分享。
4、合同当事人分担风险的原则不同
合作开发合同，研究开发过程中出现的风险通常由各方当事人共同承担；委托开发合同，其开发风险则一般由委托人承担，也可依合同约定由双方分担。
