在某些场合，合同主体不仅是合同成立所必须的形式要件，而且是合同有效或无效、是否受到法律保护的问题。许多合同，不仅仅要看合同中约定了什么，还需要审查合同的主体是否具备从事这些民事行为的资格，包括企业性质、注册资本、经营范围、专业资质、业务许可等。对于某些主体资格方面的限制，可以通过调整运作模式、与其他主体合作等方式取得合法资格，而有些根本无法突破的规定则必须回避，否则属于合同的重大缺陷。
1．合同主体资格问题：
受到法律保护的合同，最起码的一点是合同主体资格合格，这涉及到两个方面，一是能否独立承担民事责任的问题，二是从事进行某类经营活动是否合法，这一问题往往决定能否合法进行交易。除非是另有其他考虑，否则在主体资格上存在问题会为合同的顺利履行留下风险，作为一个谨慎和负责的民事主体，没有必要在这一问题上给别人留下违约的机会。
某些交易会出现来自合同另一方的限制，如招投标过程中来自发标方对于合同主体在注册资金等方面的限制。有些行政法规甚至对于不同经济形式的企业有不同的准入限制，如果不清楚这一点或不能在合同中有针对性地加以调整，合同就有可能由于主体资格问题而无法受到法律的全面保护，从而失去交易机会。
在制作合同过程中，特别是招投标等特别强调当事人主体资格问题的合同中，有些问题是可以通过其他的合法变通的方式加以解决的，这就需要在合同中加以变通。对于根本不具备资格而又根本无法变通的交易，勉强地制作合同还不如明智地退出交易。
2．经营范围与经营方式：
如果签约主体在经济形式、注册资本等方面没有问题，接下来的问题便是经营范围、经营方式等问题。在这一问题上，合同当事人仅有合法有效的营业执照是不够的，还要看合同中约定的交易内容、交易方式是否被执照上所规定的经营范围和经营方式所允许。例如，一家广告公司在经营范围没有调整的情况下直接从事企业咨询业务，便显然是在超越经营范围经营。
目前，除了极个别的地区打破了限制外，绝大多数行政区域内的工商行政管理部门仍旧保持着对于企业经营范围等方面的审核和监督管理，这种经营范围方面的限制使得某些企业在经营新的产品或服务之前必须增加新的经营范围。
3．业务主管部门的行政许可：
即使是前述几个方面均无问题，某些行业如果没有得到相关归口管理机关的许可则仍旧不能经营。这些管理规定一方面起到了控制资源消耗、确保产品质量、维持市场秩序等积极作用，但在某种程度上也限制了公平竞争、降低了资源利用效用。
例如，从事金融业的企业，除了营业执照还必须拥有人民银行批准的《金融许可证》方得营业，而制造业的许多产品也必须持有生产许可证方可营业，如此等等。
当市场进入了充分竞争时代后，这类行政许可方面的管理已经开始逐渐放宽。最高法院在司法解释中也明确规定一般情况下的超越经营范围并不视为合同无效。但对于一个企业来说，法律是否合理并不是企业关注的目标，修改法律也不是企业的职责，因此在大多数的情况下只能选择遵守并利用相关规定最大限度地保护自身的合法权益。
