合同中的预付款是整个合同款项总额的先期付款数额，当双方都在按合同履行时，是不退还的，如果合同没履行，看是什么原因，给没给对方造成损失，和合同约定违约责任、违约赔偿作为参照是否退还。如果标注是押金，那么合同双方合同履行结束应该退还。但如果是标注的定金，就不会退还了。
《建设工程施工合同》第２４条明确，“实行工程预付款的，双方应当在专用条款内约定发包人向承包人预付工程款的时间和数额，开工后按约定的时间和比例逐次扣回。预付时间应不迟于约定的开工日期前７天。发包人不按约定预付，承包人在约定预付时间７天后向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不能按要求预付，承包人可在发出通知后７天停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。”具体支付工程预付款的方式可以在专用条款中详细约定。目前在实践中采用工程预付款的情况比较少见。
工程预付款肯定是要扣回的。施工企业承包工程，一般实行包工包料，需要有一定数量的备料周转金，由建设单位在开工前拨给施工企业一定数额的预付备料款，构成施工企业为该承包工程储备和准备主要材料、结构件所需的流动资金。
预付款还可以带有“动员费”的内容，以供组织人员、完成临时设施工程等准备工作之用；预付款相当于建设单位给施工企业的无息贷款。
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