依据最高人民法院《民事案件案由规定（试行）》，民事案件的案由应当包括当事人诉争的法律关系部分和当事人的具体争议部分，结合货运代理合同案件的审判实践，对不同的案件可以将案由界定如下：
即当受托人请求委托人返还代垫费用、支付报酬及其利息的，案由可定为货运代理合同欠款纠纷。“代垫费用”指代垫的海运费和杂费，但不得扣除从承运人处收取的佣金。此处的“报酬”指向委托人收取的代理费，不包括从承运人处收取的佣金。
当委托人请求受托人返还多支出的费用、报酬及其利息的，或委托人因解除委托合同而请求返还费用的，案由可定为为货运代理合同返还纠纷。“返还纠纷”中双方诉争的法律关系实际上为不当得利，严格意义上应定为不当得利返还纠纷，但引发该不当得利的基础关系为货运代理合同，或者说该不当得利的类型是因货运代理合同中的清偿而引起的不当得利，因此基于审判实践中的习惯做法，仍定为货运代理合同纠纷。
当委托人请求受托人转交因处理货运代理事务而取得的财产或单证的，案由可定为货运代理合同交付纠纷。
当合同当事人请求对方赔偿因违约而造成的损失的，案由可定为货运代理合同损害赔偿纠纷。
我国的货运代理业是由向国家工商行政管理部门登记，并领有经营该顶业务执照的企业法人组织专营的，其他单位与个人一律不得经营。因此，货运代理合同中的代理人是一个特定的主体。货运代理合同中委托人的范围则没有限制，可以是国家机、企事业单位、群众团体、公民个人、个体工商户等。
就货运代理合同而言，因代理业务的需要，委托人，代理人乃至第三方之间会发生多种民事法律关系。与之相适应，代理人也就处于多种法律地位。当与承运人交接货物或办理催审、审证、结汇、报关、报验等手续时，因为代理人是以委托人的名义与第三方发生关系，符合委托合同的特征，这里称代理人为货主方（委托人）的代理人。但当代理人按双方约定或按有关规定必须以自己的名义洽订运输工具，以及依合同向委托人提供仓储保管、维补包装、短途运输等服务时，若缺乏代理关系形成的条件，代理则不成立。显然，要在以上多种关系中确定只适用于代理的规定是困难的。货运代理合同属服务类合同，除具有该类合同的一般特征之处，从合同主体、客体、以及合同当事人间的法律关系来看，还有其本身的特征。
这里列出货运代理合同的基本条款，并作简要说明，供代理双方订立合同时参考。
应注意代理方式，是独家代理还是多家代理、是买断代理还是佣金代理。
前文应包括合同成立日期，当事人及订立地点、案由等。
①成立日期。通常代理合同是合同双方在同一地方签订的，一般都附有成立日期，但若是异地签署时，由于签署日期不同，应以双方当事人签署完成且双方当事人的意思表示都生效之日为合同成立之日。
②当事人。应记载当事人的名称、住址，若为法人，应记载其种类、营业执照号码、总部所在地等。
③合同订立地。在跨国代理的争端中，合同订立地的法律是合同争端仲裁与判决的准据法。
④案由。简单说明代理合同订立的理由、经过及目的等。
在代理合同中，委托人与代理商的关系是主从关系，委托人的授权必须经过代理商接受，代理关系才宣告成立。因此一方面委托人选任代理商，另一方面也要代理商受任代理事务，代理关系才有效。授权代理商的代理内容，必须在合同中明确规定，也就是说，要明确指出是媒介代理还是缔约代理，是独家代理还是总代理。
代理商的义务主要有：服从委托方的指示；有订约权限时，权限的大小、范围如何；不服从指示或越权的责任。
关于代理区域一款，一般是针对独家代理而言，规定在某市场区域内，独家代理商有独家代理的权利。代理合同中规定了代理区域后，应同时规定：是否禁止委托人直接、间接将代理产品售往代理区域；是否禁止代理商在代理区域内代理、经销其他与本代理产品有竞争
应规定是货运代理、运输咨询代理或是综合代理。
代理权限条款主要包括：提供代办运输的服务；提供仓储保管的服务；提供代办行政和财政手续费用的服务；提供加工承揽方面的服务，以上服务的目的均是为了运输。运输代理人提供的服务必须与运输有关，这是运输代理合同的一个显著特点。受这一限制，运输代理人不提提供诸如医疗、律师等与运输无关的服务。
分代理商是代理商所选任的代理商，辅助人则是代理商的逐鹿人员。一般代理合同应规定，未经委托人同意，代理商不得选任分代理商，若分代理商选定，则应视为是委托人的代理商之一，代理委托人行事，权利责任亦由委托人承担。
这一规定是为了激发代理商工作的积极性，努力为委托人打开市场，这一条款通常是针对独家代理商而言，至于非独家代理时，通常不规定最低代理销售额。
主要内容有：代理商无权代为接受订单或签约；代理商接受订单后应迅速转交给委托人，委托人有权决定是否接受订单；委托人应将接受或拒绝订单的有关事宜及时通知代理商。
这是运输代理合同的重要内容，必须规定支付运输代理费用的方式和比例。
代理方与委托方的关系以信任为基础，而信任关系则是建立在双方的信息交流的基础上。代理商应向委托人报告其活动情形与市场情况。如有其他需报告者，自然应当加以具体的规定。为使代理关系密切，委托人也应将其销售计划及市场动态随时向代理商提供。此外，若委托人在价格、付款或其他有关方面需变动条件时，也应随时通知代理商，并规定这种变更从何时生效。报告时期原则上应是随时报告。然而，当事务不太多时，委托人也可规定代理商定期报告，如规定一个月或一个季度至少报告一次等。
代理商既然为受托人，自然应当努力推销，规定此条款是为明确这一点，这有利于保护委托人的权益。在宣传、广告条款中，委托方应当规定，若代理商有不当宣传，即属于处理代理事务有过失，应对委托人负责赔偿责任。
商标权、专利权、著作权等智力财产是委托人的无形资产，应在代理合同中予以保护。当代理合同中未对此加以规定时，代理商也无权占用委托方的智力财产权。如在商标权方面，代理合同中可以订明：代理商不得使用商标的全部或一部分作为任何独资、合伙或公司和名称；代理商不可将委托方的商标用于代理合同规定外的其他用途；委托方的未注册商标，代理不得任意注册据为已有；本条款中还规定，委托方的无形资产受到侵害时，应如何处理。
例如，铁路路徽就没有注册商标权。有很多个体托运点打着铁路托运（代理）的牌子经营，其实与铁路运输企业毫无关系。
这一条主要应规定两点：一是合同期限的约定，即约定委托方与代理方的代理关系维持多长的时间。由于委托方与代理方各自发展的需要，代理期限的长短也随之变化。委托方若打算利用代理商打人国外市场后，再自设营销网点代替代理商的功能，这时可考虑订为期较短的代理合同。若委托方自己无力开拓市场或自设营销网点花费太大，可与代理商订立长期合作的代理合同。二是代理合同延期的方式，经过一定时间的合作，若委托方与代理商双方都对对方满意时，这时便会考虑在合同到期后，延长代理合同的有效期。这便是代理合同的延期问题。有些代理合同采取自动延期的方式，即规定代理合同在满期前的一定时期内，如当事人的一方未向对方表示终止合同的意思时，代理合同自动延期。
根据《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的若干规定》中第二款海商合同纠纷案件第23项规定，与海上或者通海水域的船舶运输有关的货运代理合同纠纷案件，应由海事法院受理。因此，只有符合该条件的货运代理合同纠纷方有海事法院管辖，空运及铁路运输代理纠纷不属海事法院管辖。
货运代理合同不属于《合同法》规定的有名合同，但作为民商事合同，应当受《中华人民共和国民法通则》、《合同法》等基本法律以及《中华人民共和国国际货物运输代理业管理规定》、《管理规定实施细则》、《中华人民共和国国际海运条例》以及《中华人民共和国国际海运条例实施细则》等专门法律的调整。在审判实践中，对涉及平等主体之间权利义务事项，主要依照《合同法》分则中与货运代理合同最相类似的“委托合同”的有关规定。
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