依据合同法的规定，保理合同是真实意思表示，内容合法，且不违反法律、行政法规强制性规定的，应认定为有效。保理合同属于反向保理且不属于合同法第五十二条规定情形的，亦应认定为有效。
审理保理合同纠纷案件应充分体现对当事人意思自治的尊重，把保理合同的约定作为确定各方当事人权利义务的主要依据。在法律适用上，应依照合同法第一百二十四条关于无名合同的规定，首先适用合同法总则的规定，对债权转让、合同效力、合同履行及违约作出判断。此外，还可以参照合同法分则或者其他法律最相类似的规定。例如涉及保理融资的，可以参照合同法分则借款合同的规定。
一、保理法律关系的构成要件
目前，诉讼至法院的保理合同纠纷案件所列案由并不统一，主要包括：金融借款合同纠纷、债权转让纠纷、金融衍生品种交易纠纷、委托代理合同纠纷等。虽然保理业务特别是金融保理往往签订“国内商业发票贴现协议”或“授信协议”，但是商业保理公司并不属于金融机构，因而将保理合同法律关系等同于金融借款合同法律关系并不恰当。
而且即使是金融保理，保理融资的还款也主要来源于债务人付款，而非债权人提供资金直接归还保理融资，这也是保理与金融借款的不同之处。以债权转让合同纠纷作为案由虽能体现保理合同以应收账款转让为前提的特征，但是保理业务中包含的融资功能以及其他综合金融服务功能并不能得到全面体现，因此确定为债权转让合同纠纷也不能准确反映保理合同法律关系的主要特征和实质。
构成保理法律关系，应当同时具备以下几个基本条件：
1、保理商必须是依照国家规定、经过有关主管部门批准可以开展保理业务的金融机构和商业保理公司；
2、保理法律关系应当以债权转让为前提；
3、保理商与债权人应当签订书面的保理合同；
4、保理商应当提供下列服务中的至少一项：融资、销售分户账管理、应收账款催收、资信调查与评估、信用风险控制及坏账担保。如果保理商与债权人签订的合同名为保理合同，经审查不符合保理合同的构成要件，实为其他法律关系的，应按照实际法律关系予以处理。
二、保理合同纠纷案件的管辖确定
保理合同以基础合同的债权转让为前提。保理业务由应收账款转让和保理两部分组成，主要呈现两种诉讼类型：
1、保理商以收回保理融资款为主要目的，起诉债权人和债务人或者仅起诉债务人。此时，保理商的法律地位是应收账款债权受让人，基于基础合同的债权转让而主张债务人偿还应收账款，以及因债务人不能偿还时债权人依约所应承担的回购义务，案件审理的重点是基础合同应收账款的偿还。
2、保理商仅因保理合同的签订、履行等起诉债权人，例如要求支付保理费用等，案件审理的重点是保理合同的履行。保理商向债权人和债务人或者仅向债务人主张权利时，应当依据民事诉讼法的有关规定，结合基础合同中有关管辖的约定确定管辖。
保理商和债权人仅因保理合同的签订、履行等发生纠纷，按照保理合同的约定确定管辖。保理合同中无管辖约定或者约定不明确的，应当由被告住所地或者保理合同履行地法院管辖，保理融资款的发放地可以作为保理合同的履行地。保理商向债权人、债务人及担保人一并主张权利的，应当根据债权人与债务人之间的基础合同确定管辖。保理商、债权人与债务人另有管辖约定的，应当按照其约定确定管辖。
