行政合同是权力因素与契约精神的有效结合，一方面它是 行政主体与相对人之间通过相互交流与沟通而达成的协议；另一方面作为签约一方的行政主体仍保持其原有公权力的身份，以保证行政目的的实现。由于行政合同中权力因素的存在，使得行政合同案件自然应当定性为行政案件。 因此，对行政合同案件设置应不同于私法契约案件的审判机制。一方面可以监督行政机关依法履行职责，防止行政机关以订立合同的方式规避法律；另一方面可以加强对行政机关的强权进行监控，防止行政机关利用强权或滥用职权，侵害另一方当事人的合法权益。
1、司法审查的法律依据。
行政合同基于行政法律关系而产生，无论是合同的内容，还是合同的订立和履行，都具有行政行为的色彩。法院对行政合同案件的审理，从实体上应首先适用行政法律规范，包括各种行政基本法律和单行的法律、法规，甚至可以参照规章。
如原国家土地管理局于1995年7 月颁布的《协议出让国有土地使用权最低价确定办法》，可以作为法院审查行政主体与相对方签订国有土地使用权出让合同时出让金是否合法的一个重要法律依据，并依此认定土地使用权出让合同是否有效，进而追究违法签订行政合同的行政主体的责任。然而，尽管我国行政合同涉及的领域目前比较宽泛，但由于行政合同的立法不完善，给司法审查带来相当大的困难。为了弥补行政立法方面的不足，在司法审查时亦有必要依据相关领域的经济和民事法律法规与规则。同时，我国正处于体制转轨时期，行政合同、经济合同和民事合同的性质界定和范围归属均受政治、经济体制的影响，在一个较长的时期内处于相对不确定和不稳定状态，因而对行政合同的司法审查不能绝对排除经济法律法规和民事法律法规的适用。因此，应根据行政合同的特别法规和法律关系的具体性质，适用相关的行政与民事法律规范和规则。
2、司法审查的理论依据。
第一、行政合同是行政主体行使行政管理权的一种具体行政行为。现代行政中，行政权经常使用法律规制相对缓和的非权力行政形式，即行政合同作为权力限制的替代物而发挥作用，从而确保现代行政的民主，实现国家行政的目的。尽管行政相对人是为了追求民事或经济利益而与行政机关协商一致缔结行政合同，但其利益的实现却以行政管理目标为前提，如承包合同中只有完成承包指标，承包人才有奖金，若未完成承包指标则不能取得原工资4。可以说：“行政合同是双方当事人为实现彼此间不同的但相对应的目的而签订的协议，相对应的目的就是实现行政管理目标”5，因而它是通过合同这种特殊形式间接行使国家行政管理权的一种具体行政行为。
第二、行政合同中双方当事人法律地位不平等决定了它受特别行政法律关系的调整。行政主体作为合同中的一方当事人，具有双重身份。它既是签订行政合同的一方当事人，又是主管该项合同的管理人。在合同履行过程中，行政主体享有一些特殊权利，能够管理、监督行政合同，并对违约人依法给予制裁。如行政主体对出让的土地的使用、转让、抵押、出租等的监督，可以促使相对人合理开发和利用土地资源，提高国有土地资源的利用率。在相对人有严重过错违约时，行政主体亦可单方面行使制裁权，可以解除合同且不予相对人以任何补偿6。既然行政主体和相对人是在不平等地位下订立和履行行政合同，合同的目的在于实现国家的行政管理，内容涉及国家和社会公共事务，因此行政合同具有可诉具体行政行为的特征，应受特别行政法律关系调整。
第三、行政合同中双方当事人意思自治的限制，决定行政合同应适用行政实体法律规范和行政诉讼法律规范，通过司法审查程序予以解决。行政合同是双方当事人意思表示一致的协议，这是其合同性的主要表现，体现了民商法的自治原则。但行政合同的目的在于更好地完成行政管理，这种意思表示在实质上要受到法律、法规及计划的限制。行政合同纠纷发生后，应主要依据行政实体法律规范和行政诉讼法律规范进行调整。
