特许经营中商业秘密的保护有着与一般商业秘密保护共同的一面，即特许人作为商业秘密的权利人会针对商业秘密泄露的常规渠道，如内部员工的泄漏、其他合作者的泄密，第三人通过不正当手段获取而采取相应措施。但鉴于商业秘密对特许经营的重要性，商业秘密泄露对特许经营的危害性，特许经营体系的复杂性，法律对商业秘密保护事后性的特点，决定了特许人对商业秘密的保护有着与一般商业秘密保护不同的一面，即特许人需要针对被特许人及其员工有针对性地采取措施，保护自身的商业秘密。这是特许经营中商业秘密保护的特殊要求。
商业秘密对特许经营具有重要意义，因此特许经营中商业秘密保护问题已成为各国特许经营法中的必有内容。我国2004年12月8日商务部发布的《商业特许经营管理办法》第十二条规定："被特许人有保守特许人商业秘密的义务";第十三条规定："特许经营合同必须包括保密条款内容";第二十一规定："在特许经营期间及特许经营合同终止后，被特许人及其雇员未经特许人同意，不得泄露、使用或者允许他人使用其掌握的特许人的商业秘密。"第二十二条规定："未与特许人签订特许经营合同，但通过特许人的信息披露而知悉特许人商业秘密的人和申请人，应当承担保密义务。未经特许人同意，不得泄露、向他人披露或者转让特许人的商业秘密。"这些内容成为特许经营中商业秘密受保护的直接法律依据。特许经营合同是合同中的一种，因此我国《合同法》成为特许经营中保护、救济商业秘密的法律依据。
特许经营实践中最常用的商业秘密保密措施就是在特许经营合同中订立商业秘密保密条款，使被特许人及其员工承担起商业秘密保护的义务。保密条款的大致内容为：许可使用商业秘密的范围;除非商业秘密已合法地变为公知信息，被特许人在整个特许期间以及特许结束后的一定期间不得使用商业秘密;被特许人在特许期间以及特许期间结束之后均不得向第三人披露商业秘密;被特许人必须要求其雇员承担相同的保密义务;被特许人有义务向特许人回授在特许权实施中获取的任何经验。并许可特许人或者其他被特许人对所生的技术秘密享有非独占的使用权。
在特许经营中特许人的商业秘密因特许受到侵害的，特许人可依照《合同法》，追究被特许人及其员工的法律责任。在合同期内有关义务人违反合同约定的，特许人可依合同法追究其违约责任。因故被特许人未与特许人签订特许经营合同，但通过特许人的信息披露而知悉特许人商业秘密的有关人员，应当承担保密义务。特许经营结束之后的特定期间，被特许人及其员工负有竞业禁止的义务，违反该义务使用特许人商业秘密从事商业活动的，特许人可追究其违反后合同义务的法律责任。
法律对商业秘密的保护是事后救济性的保护。而且根据目前我国商业秘密保护相关法律的规定，事后的侵权救济以权利人的直接损失为依据。商业秘密作为特许人的秘密武器，泄露后特许人失去的不仅仅是经济利益，重要的是竞争优势的丧失和特许经营体系的破坏。这些都是无法用直接经济利益衡量的。特许经济的特点决定了特许经营中商业秘密的保护应以特许人针对被特许人及其员工的事前、事中保护为主，以防患于未然。
如果想了解更多关于特许经营合同的知识，小编为您推荐：
商业特许经营合同
交互式特许经营
国家经济贸易委员会、国内贸易部、文化部等发布
