工程合同是指承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。工程款就是承包人提供劳务的所得。营业税是对在中国境内提供应税劳务、转让无形资产或销售不动产的单位和个人，就其所取得的营业额征收的一种税。因此工程款是属于纳税范围的，营业税属于流转税制中的一个主要税种。２０１１年１１月１７日，财政部、国家税务总局正式公布营业税改征增值税试点方案。２０１５年５月，营改增的最后三个行业建安房地产、金融保险、生活服务业的营改增方案将推出，不排除分行业实施的可能性。其中，建安房地产的增值税税率暂定为１１％，金融保险、生活服务业为６％。
因此，工程合同的税率包括了以下几项：
１、增值税：按照工程结算款计算增值税，税率是１１％。
２、城建税：按增值税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为７％；纳税人所在地在县城、镇的，税率为５％；纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为１％。
３、教育费附加：按增值税计算缴纳，税率３％。
４、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的 ０．３‰ 计算缴纳。
１、施工总承包合同，指约定一家承包商组织实施某项工程或某阶段工程的全部任务，对主承担全部责任，履行承包商所拥有的全部权利的合同。
２、施工总承包一般包括土建、安装等工程，原则上工程施工部分只有一个总承包单位，装饰、安装部分可以在法律条件允许下分包给第三方施工单位，如果双方在施工的过程之中，受到了另外一家施工单位的干扰，可以向建设单位索赔施工干扰，降低效率的费用。或者直接收取施工配合费、管理费等其它费用。在建筑工程中一般来说土建施工单位即是法律意义上的施工总承包单位，土建施工单位负责整个建筑工程的建设与服务，如果存在分包工程时也负责包括：提供水电接口、提供垂直运输、土建收口、施工脚手架、竣工资料归档、成品保护、平行交叉影响、铁件预埋等总包单位的服务和配合管理责任。按国家规定通常３％－５％计取配合费，有时另按５％－２０％收取工程管理费。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》（国务院令第１１号）附件《印花税税目税率表》规定：包括建筑、安装工程承包合同。立合同人按承包金额万分之三贴花。
印花税中，建筑安装工程承包合同不含增值税。建筑安装工程承包合同，包括建筑、安装工程承包合同，按承包金额０．３‰贴花，由立合同人负责缴纳。
不管是承揽合同还是发包合同，都要缴纳印花税的。这是由印花税的性质决定的；建筑工程印花税为合同金额的万分之三，没有期限的限制，只要是税务查账之前贴花完税了就行。
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