因《民法通则》规定了当事人的财产只能是合法财产，全国人大所公布的《物权法》草案也认为法律上所说的财产是合法财产，故可以确定的是：当事人对违章建筑不享有所有权。但违章建筑毕竟是当事人用其合法财产建设的，具有一定功效，当事人的违章建筑是有相应的权能的。
第一，当事人享有对违章建筑的建筑材料的所有权。
虽然违章建筑不具有合法性，但当事人对其建筑材料还是有所有权的，无论是自行拆除违章建筑的，还是强制拆除违章建筑，其建筑材料还是归当事人所有的。若行政机关对违章建筑决定没收的，此时没收的对象表面上看是建筑物，但所涉及的权利并不是当事人对建筑物的所有权，而是当事人对建筑材料的所有权。这在司法实践可以得到印证。人民法院在审理损害违章的民事纠纷中，屡有判决损害人对被损害人承担赔偿责任，其理由就是当事人对违章建筑虽然不享有所有权，但对违章建筑的建筑材料享有所有权.
第二，当事人对违章建筑享有事实状态上的占用、使用、收益的权能。
当事人对违章建筑的占有是客观存在的事实，但这里的占有只是一种事实状态而非一种法权，“占有是主体对于物基于占有的意思进行控制的事实，占有首先是对物的一种事实上的控制……不管占有人对物的控制是否具有据为已有的意思，只要客观上的控制状态形成就可以构成占有.”“占有可以是有本权的占有，也可以是无本权的占有。而在建筑人对违章建筑物，虽不享有所有权(本权)，但由于其实际的管理与控制，也形成了一种占有，并受法律的保护，他人不得随意侵犯.”因占有而派生出来的是对违章建筑的事实上的使用和收益。当然这种使用和收益是受到法律限制的，与合法房产的使用和收益是有区别的，但并不是完全不受法律保护。
最高人民法院1993年颁布的《全国民事审判工作座谈会纪要》明确规定：“因违章建筑妨碍他人通风采光或因违章建筑的买卖、租赁、抵押等引起的民事纠纷，人民法院可以受理。”在这里特别要说明的是违章建筑的租金收入的属性，由于大量的违章建筑被用于出租，因此，其租金收入的法律性质应引起注意。目前对租金收入的看法有三种：违法所得，不当得利，合法收入。在法律未对此明确之前，不应当作违法所得及不当得利理解，而应视作合法收入。对当事人的收入在无相反证据的情况下视为其合法收入，并以课税，是我国所得税法的一项原则。
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