对违章建筑的分类最常见的是从表现形态上划分，如认为违章建筑主要包括：未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑;擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑;擅自改变了使用性质的建筑;擅自将临时建筑建设成永久性的建筑.
此种分类方法也是一些地方法规规章所采用的方法，如1987年的《深圳市人民政府关于特区内违章用地及违章建筑处理暂行办法》、1993年的《上海市整治违章搭建和违章建筑的若干规定》就有类似的规定。此外，还有以是否有土地使用权为标准划分、以被侵害对象为标准划分等分类方法。
从有利于处理的角度出发，可分别按违法行为的构成、违章建筑对规划影响的程度、实际用途等为标准进行划分。
以违法行为的构成为标准，可将违章建筑划分为单一违法行为的违章建筑和数个违法行为的违章建筑。前者如居民在已有的手续齐全的二层楼上无证加建一层，后者如在公路红线控制区内未经批准占地建房。前者一般仅涉及违反建设规划，而后者除涉及到建设规划外，还涉及到土地、公路管理等，存在数个违法行为。之所以这样分类是考虑到对违章建筑是否可以补办手续及如何补办手续的问题。
以违章建筑的对规划的影响可分作三类，一是严重影响规划，二是(不严重)影响规划，三是不影响规划。如广东省人大常委会颁布的《广东省实施〈中华人民共和国城市规划法〉办法》就采取了这一分类方式。此种分类是考虑到对违章建筑是否可以行政处罚及行政处罚的种类问题。
以违章建筑实际用途为标准可将违章建筑划分为生活用、生产经营用、其他用途。作这一分类是考虑对居住人的安置、补办手续时的税费等事项(经营用房是要缴纳营业税和所得税的)。
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