对保证保险合同的性质，理论和实践中存在不同的理解和做法。有人认为保证保险合同是保证合同，是以保险为名，行保证之实。笔者认为，保证保险合同应归类于保险合同，它与保证合同有本质上的区别。
一是主体不同
保证保险合同的主体是债权人和保证人，其中对保证人的资格，除了法律禁止作保证人的情况以外，担保法未予以过多的限制，仅是一般性的规定了应具有代偿能力。保证保险合同的主体包括投保人、被保险人和保险人。其中，投保人和被保险人同时就是买卖合同(或者贷款合同)的买方(或借款方)和卖方(或贷款方)，保险一方必须是依据保险法取得经营保证保险业务的商业保险公司。
二是合同的内容不同
保证合同是典型的单务无偿合同，其内容由债权人的担保权利和保证人的保证义务构成。当主债务人不履行债务时，债权人有权要求保证人履行保证义务，保证人应当依约定履行所承担的保证义务。保证人除在一般保证中享有先诉抗辩权外，在保证合同中不享有任何权利。保证保险合同则是双务有偿合同，其内容主要是由投保人交纳保费的义务和保险人承担保险责任构成。
三是合同的责任性质不同
在保证合同中，保证人承担的是保证责任，保证人履行了保证责任标志着合同目的的实现。同时保证人的保证责任只是一种补充责任，只有在主债务人不履行债务的情况下，保证人才根据债权人的要求承担责任，如债务人已履行债务，则保证责任消灭。在保证保险合同中，保险责任是保险人的主要责任，只要发生了合同约定的保险事由，保险人即应承担保险责任。这种责任因在合同有效期未发生保险事由而消灭。
四是适用的目的不尽相同
保证合同适用的惟一目的是担保债权的实现，除此无任何存在价值。而保证保险合同作为一种保险手段，则是以降低违约风险和分散风险为目的。
五是运行方式不同
保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。
