既然无效合同的确认受诉讼时效限制，就应遵循《民法通则》关于诉讼时效的规定，其期限应为一般诉讼时效，即二年。但是，对于确认无效合同的诉讼时效从何时起计算，则不能简单按照有效合同进行确定。有效合同的诉讼时效，一般从合同约定的履行期限届满之日起计算，而无效合同则应当根据请求确认的主体不同而不同。
如前所述，合同无效的确认有两种情形：一是当事人或第三人请求确认合同无效，另一种是在处理合同纠纷中人民法院或仲裁机构依职权确认合同无效，即国家干预。对于人民法院或仲裁机构依职取确认合同无效，必然是在订立无效合同后，合同当事人认为合同有效，在履行合同过程中发生纠纷，合同当事人一方提起诉讼或仲裁。这种情形由于当事人是把无效合同当为有效合同，其提起诉讼或仲裁完全是按有效合同进行，即在合同履行届满后两年内提起，这时提起的诉讼或者仲裁不会涉及需要确定诉讼时效从何时起算的问题，因此，对此种情形不再累述。
对于另一种情形，根据请求确认无效的主体不同，又可分为两种情形：一是合同当事人请求确认合同无效;二是合同之外的第三人请求确认合同无效。
(一)合同当事人请求确认合同无效的诉讼时效。
无效合同自始无效，从订立之日起就不具法律约束力，那么，无效合同的确认的诉讼时效起算时间是从订立合同之日起计算，还是从合同履行期限届满之日起计算?笔者认为，应当从合同约定的履行期限届满之日起计算。其理由为：
1、如果请求确认合同无效的诉讼时效从合同订立时计算，对合同履行期限超过两年的，而合同当事人在订立合同两年后履行期限内请求确认合同无效，则因超过诉讼时效其请求得不到人民法院或仲裁机构的支持，那么，合同当事人还得按无效合同继续履行，这样就真的会出现不合法的合同变成合法的合同的情形。
2、按照《民法通则》关于诉讼时效的规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。按照合同当事人请求确认合同无效的阶段不同，分为三种情形：一是合同订立后尚未履行请求确认合同无效;二是合同正在履行中请求确认合同无效;三是合同履行完毕后请求合同无效。前两种情形的出现，其前提应该是已经知道权利被侵害，才可能提出合同无效的确认请求，没有侵害一方当事人主动请求确认合同无效的情况出现，因此，这两种情形也不涉及诉讼时效从何时起算的问题。而第三种情形，即合同履行完毕后请求确认合同无效从无效合同约定的履行期限届满之日起计算，是否符合诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算的规定。既然作为合同当事人，就应当对所订立合同负责，完全负有审查合同是否有效的义务，从合同订立到合同履行一般都有一个过程，在履行中或在履行完毕时就应当知道合同是否有效或自己的权利是否受到侵害。因此，确认无效合同的诉讼时效，从无效合同约定的履行期限届满之日起计算，这完全符合《民法通则》关于诉讼时效的规定，同时与处理合同纠纷案件的诉讼时效起算时间一致，既维护了法律的统一性，又能起到规范当事人合同行为的作用，还是一种对订立无效合同的惩罚。
(二)、合同之外的第三人请求确认合同无效的诉讼时效。
合同之外的第三人，包括因无效合同致使利益遭受损害的集体和其他人，其提起确认合同无效的请求，必然是基于其利益遭受损害，而这类确认合同无效的诉讼时效，完全按照《民法通则》第一百三十七条之规定办理，即从遭受损害的集体和第三人知道或者应当知道权利被侵害时起计算，但从权利被侵害之日起超过二十年的，不再予以保护。
此外，还有一种情形可能导致无效合同的确认，即无效合同损害国家利益的。这种情形只要来自于国家干预，由于无效合同侵害的是国家财产，比照《最高人民法院关于贯彻执行若干问题的意见(试行)》第170条：“未授权给公民、法人经营、管理的国家财产受到侵害的，不受诉讼时效期间的限制。”的规定，也不受诉讼时效的限制。
因此，笔者认为，无效合同的确认的诉讼时效，归结起来应为：“请求确认合同无效的诉讼时效为两年。合同一方当事人请求的，应当在合同约定的履行期限届满之日起计算;合同之外的第三人请求的，应当从知道或者应当知道权利被侵害时起计算，但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;损害国家利益的，不受诉讼时效的限制。”
