以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”
值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体；二是说明拟定补充协议的原因；三是协议补充的内容或变更的内容。
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
《合同法》第七十七条 当事人协商一致，可以变更合同。
法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。
第七十八条 当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。
2、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同,以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的,也不能推翻原合同。
3、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。
以上就是找法网小编给大家介绍的主合同与合同补充协议有冲突怎么办？的相关内容。通过上文的介绍，想必大家了解到了补充协议和合同有冲突的时候往往都是遵从补充协议，同时找法网小编还给大家介绍了相关内容，希望能给大家带来一定的帮助，如果大家还有其他方面的问题，可以来我们找法网，我们会有专业律师协助大家解决问题。
