代理问题
国有独资公司的代理问题源于国有独资公司所有权与控制权的事实分离，国家虽然创设和拥有国有独资公司，但却不可能来经营控制国有独资公司，这就意味着在国有独资公司中所有权与控制权的分离是伴随着国家所有权与生俱来的事实状态，也是一个无法改变的事实状态。由于所有与控制的分离，国有独资公司的董事、经理背离股东的利益图利自己、卸责、滥用职权、不当管理之类的代理行为就有了滋生的土壤，代理问题亦由之而产生。而且，由于国有产权主体人格化程度不可能与私有产权达到同一层次，国有股东对董事、经理的产权约束机制也不可能与私有产权约束机制一样有效，因此，国有独资公司中的代理问题往往会表现地更为严重。同时，由于在我国国企改制过程中一直特别强调政企分开，并且为此引进公司制度构筑了所有与控制相隔离的制度机制，作为出资人的政府直接干预和控制公司的做法不再被接受，政府对国有独资公司的控制力已显不如前，在这种制度和政策背景下，伴随着国有独资公司自主权的增强，代理问题发生的几率也就上升了。简言之，国有独资公司的代理问题是所有权与控制权相分离的事实状态与制度设计共同作用的结果。
控制问题
国有独资公司的控制问题则源于政府为公司之一人股东的事实，它也表现为股东身份与公司身份的混同，即股东对公司事务较高程度的支配，只是由于国有独资公司中所有权与控制权的天然分离，作为国有独资公司的真正股东的国家不可能直接支配公司事务，因此，国有独资公司中的控制问题其实是政府授权或委托的机构或部门对公司事务的较高程度的支配，这种支配通常表现为政企不分。与一人公司的情况不同的是，政企不分虽然侵害了公司的法人性，但它一般并不表现为政府授权的机构或部门与国有独资公司的财产的混同，至少在政府授权的部门作为国有股权行使人的情形下通常是这样。在国家授权投资的机构作为国有股权行使人以及大型国有独资公司创设国有独资公司的情形下，亦即存在母子公司的情形下，则有可能出现母子公司财产、人员和财务的混同，但是这种情况虽属于控制问题，却已不是政企不分的问题了。就中央企业而言，控制问题常常表现为对公司自主权的削弱，这种情形也只是削弱了公司治理结构的有效性，一般不会对公司的债权人的权利造成侵害，因此，本文对国有独资公司控制问题的强调也只是强调它对治理结构有效性的削弱。
委托人问题
委托人问题是国有独资公司或者说整个国有企业在治理过程中面临的一个特殊问题，是指在国有独资公司中并不存在真正的委托人，委托人自身也是代理人。一般地说，公司治理的核心是维护股东权益。改善公司治理的动力来自股东，如果股东没有为维护自己权益而积极参与公司治理的积极性，那么内部人则更乐于维持自己对公司的控制。可见，股东是推动公司治理结构持续改善的源泉性的力量，委托人在公司治理结构中的重要性决定了委托人问题在公司治理结构中的重要性。[page]
