目前我国1200多家上市公司中近80%是国有控股公司，国有资产总权益的1/3和总利润的1/4集中在上市公司，国有股的转让对证券市场的良性发展和整个国民经济发展都具有重大意义。从已发生国有股权转让的实例来看，还存在很多问题。
第一，国有股权转让政策不稳定，转让程序不明确，使国有股转让通道不畅，影响上市公司重组。由于国有股权的转让，涉及国有资产的转移，稍有不慎，导致国有资产流失，后果十分严重，因此国有股权管理部门对转让国有股权的批准十分慎重，尤其是涉及国有股权性质变动，流向私有部门时更是难上加难。有的公司协议转让国有股权，等待了两三年也杳无音信。很多转让协议没在约定的时间内得到批准，受让双方被迫中止协议，国有股权转让受阻。这不仅阻碍了国有股权的流动和证券市场上市公司股权结构的调整，同时国有资产的也不能正常流动和产生国有股权转让的效率。
第二、国有股权转让的定价问题不合理。现行以国有股协议转让为内容的基本上按净资产价值作为定价的依据，这是不合理的。根本在于，公司有形资产重置价值或账面价值不能反映出具有持续经营能力的企业股权价值，盈利能力强的优质资产可能与缺乏持续经营能力的资产账面价值相差无几。如果盈利能力强的优质资产仍按净资产定价收购，将获取更多的资本利得。而另一方面，对一些劣质企业来讲，如果按低于资产值出让就属于国有资产流失，那不会有买家介入，实际操作中的国有股定价确实是一个难题。因为国有股权转让形成了以企业有形资产净资产帐面价值或重置价值为基准的交易估价惯例，实际交易价格往往由主管部门或国有控股股东聘请资产评估事务所估价。为促成交易，转让方往往通过资产评估事务所压低重置价值。而对企业长期苦心经营形成的具有经济价值的营销渠道、知识产权等无形资产，在资产评估中却很少反映。因此，当国有资产或股权交易低于净资产账面价值时，人们普遍认为价格偏低，会造成国有资产流失。
第三，国有股权转让中还存在具体操作不够科学的问题：
一是受让方的资质审查不规范。有的受让方是新组建的公司，由于新成立的公司并不是一个成熟的公司，没有成熟的管理经验和公司运作经营，不利于企业的经营和发展;
二是有的上市公司国有控股权转让被当成在二级市场上进行炒作的题材，“假重组，真炒作”;将上市公司作为“圈钱”工具，利用关联交易等手段掏空或恶意侵占上市公司资产，这些行为严重损害了上市公司的利益，加大了公司的风险，对证券市场的正常运行造成不良影响;
三是国有股权转让的法律界定不清。多数股权转让伴随着资产重组进行，往往先有转让或托管，再进行资产重组，但股权转让中经常出现股权冻结的情况，也容易使股权转让产生纠纷。
四是国有股权转让的成功率不高。目前披露的股权转让较多，但由于受让方对转让方信息了解不充分或由于方案不成熟或审批出现问题都导致国有股权转让失败的情况较多。
五是缺乏中介机构的全程参与。如在国有股权转让中需要律师出具法律意见书，通常都是需要时再参与，而投资银行的主要工作也就是制作各种申报材料，中介机构并未起到应有的作用，使国有股权转让的效率大为降低。中介机构的全程参与，有助于资质调查，提高国有股权转让的效率与稳定性。
