采用网络直销的企业实施供应链管理是企业问竞争必然的选择。但目前该类企业在实施供应链管理时还存在很多阻碍。
（1）信息化普及程度不够
在供应链管理过程中，一般会使用条形码技术，数据库技术，电子订货系统，射频技术和电子数据交换、全球定位系统等信息技术手段，因为这将是推进供应链系统信息共享的关键和提高供应链绩效的根本。但是目前的信息化条件还远远不能满足供应链管理信息技术使用的要求。
(2)横向一体化与网络化实现困难
横向一体化即利用企业外部资源快速响应市场需求。它形成了一条从供应商到制造商再到分销商的贯穿所有企业的“链”，这就是供应链。这条链上的节点企业必须达到同步、协调运行、才有可能使链上的所有企业都能受益。
但是目前“链”脱节现象严重。比如网络直销中，消费者与销售部门 销售部门与生产部门之间的联络大多通过电子邮件手段，直邮的反馈率并不高。研究表明，电子邮件的平均回复率只有83％ 。这必然会导致响应及时性的降低。
(3)物流系统化，专业化欠缺
在供应链管理实施过程中，物流的经营绩效直接决定整体交易的完成和服务的水准，尤其是物流信息对于企业及时掌握市场需求和商品的流动具有举足轻重的作用。但是 当前大多物流只是作为商务活动的辅助职能而存在，其本身并不构成企业管理的重要领域，业务管理也往往分散进行，没有总体统一的协调和控制。
(4)服务个性化有待加强
在网络直销模式下，企业突破了时空的界限，生产过程和消费过程达到了和谐统一，使得企业的供应链更加简洁、高效、开放和灵活。需要有完美的个性化服务。但是很多网络直销企业要做到个性化服务还有很长路要走。
(5)信息共享性与管理高效性亟待改进
网络直销要求整个交易过程实现电子化、数字化、网络化。信息流、资金流、物流之间的动态联系，是实现供应链管理的前提和基础。但当前我国正处于电子商务的初级阶段的状况很难达到以上的要求。
另外，顾客对产品可信度问题也不可忽视。在网络直销中，顾客与商家不直接接触，顾客往往会产生一种不真实或不信任的心理，这种心理的存在会阻止其主动购买的动机。
2、网络直销与中间商的冲突
在传统营销渠道中，中间商是其重要的组成部分，因为利用中间商能够在广泛提供产品和进入目标市场方面发挥最高的效率。网上直销渠道的建立，使得生产商和最终消费者能直接连接和沟通，传统中间商的职能发生了改变，由过去的环节的中间力量变成为直销渠道提供服务的中介机构，如提供货物运输配送服务的专业配送公司，提供货款网上结算服务的网上银行，以及提供产品信息发布和网站建设的lsP和电子商务服务商，使得传统营销中间商凭借地缘原因获取的优势被互联网的虚拟性所取代，同时互联网的高效率的信息交换，改变着过去传统营销渠道的诸多环节，将错综复杂的关系简化为单一关系。
通过网络直销，生产商把他们的产品直接送到顾客的手上，交易费用也降低了，利润大幅增加。消费者感觉能控制销售环境，生产商也由于能够同最终用户直接接触因而可以更有效的安排未来的营销活动。这种销售方式把传统的零售商甩在了圈外。对生产商而言，零售商的支持是不可缺少的，它需要找到一条新路，既贴近消费者又不必疏远现有的销售渠道。
德国有关专家的研究指出，大的零售商确实担心互联网的存在和地位的丧失。但另一方面，他们也具备供应商所不具备的优势，他们知道如何向消费者推销。他们有信誉和经验的优势，他们经营的产品范围还很广，生产商即便在互联网上为自己的产品建立一个网上商店，也并不能向消费者提供一种完善的购物环境。因此，生产商只能以低调的方式创建网络商务，或者只在网站上销售一部分产品。据说，在5年内互联网网站业务量可能被3O家或4O家公司占据，生产商想通过网络直销获利，就必须具备一个内容充实、实力强大的网站来吸引消费者。
