以前，证券市场监管主要由中国人民银行主管，体改委、国家工商局等其他政府机构及上海、深圳两地地方政府参与管理的形式。成立国务院证券委和中国证监会以后，证券监管由国务院证券委负责，中国证监会作为证券委的执行机构，承担起对我国证券市场的监管任务。国务院撤销了证券委，同年确认中国证监会为证券监管的主管机关。随着证券市场的发展，我国证券法律制度也逐步建立起来，如《公司法》、《国库券条例》、《股票发行与交易管理暂行条例》、《禁止证券欺诈行为暂行办法》、《证券交易所管理办法》、《公开发行股票公司信息披露制度》、《证券市场禁入制度》等一系列证券法律法规均已颁布执行。作为根本大法的《证券法》的出台，进一步确立了中国证券市场法律规范的框架。以沪深交易所设立为标志，中国证券市场短短十几年走过了国外证券市场上百年的自然演进的发展过程，应当说政府的积极推进功不可没，然而毋庸讳言，年轻的中国证券市场在快速成长的过程中还存在不少问题：监管制度缺乏长远规划。中国证券市场从无到有，发展到现在的规模，成绩斐然。然而，由于市场发展迅猛，政府监管部门疲于应付大量繁杂的日常事务性工作，不经意忽略了对市场发展急待解决的根本的监管制度建设。为了尽快解决一些短期凸显的问题，往往采取急救办法，甚至以行政命令的方式强行调控市场，虽然暂时缓和了事态，但是很可能为日后的市场发展和监管工作带来了意想不到的隐患。监管存在滞后性和弱效性。尽管我国证券监管机构近年来加大了对欺诈与操纵的打击力度，但行政监管往往是事后监管，监管存在显著的滞后性和弱效性。
滞后性。从违规行为的发生到监管机构做出处罚，往往历时弥久，监管行为存在明显的滞后性。如“中科创业”、“亿安科技”操纵股价行为在发生数年以后才被发现，而“琼民源”事件的查处过程竟长达两年。另一方面，监管力量相对有限，调查费用不菲，一些市场欺诈行为未被处理，成为漏网之鱼，使违法者产生侥幸心理，铤而走险。
弱效性。对违规行为处罚显得过轻。如民源海南公司动用银行贷款和透支操纵“琼民源”股价非法获利11万元，查处后除了没收非法所得以外，仅处以警告和罚款了事。实际上，对上市公司违规行为的处罚却转嫁到公司股东身上，并无过错的中小股东往往受害最深。对应承担直接责任的违规公司的高管人员处罚过轻，弱化了监管效果。"证券监管决策缺乏科学性。目前我国的证券监管体制决定了中国证监会是证券市场的唯一监管机构，一方面提高了证券监管决策实施的权威性，但另一方面却可能有损决策的科学性。我国的证券监管机构作为政府代表，除了承担监管职责以外，还担负着培育和完善证券市场的职能，而当前经济体制改革中的焦点问题——金融体系的创新与改革——是一项牵涉到方方面面的系统工程，这些背景决定了不同领域的金融法规政策之间存在高度的相关性和制约性。比如，证监会的某项措施可能符合单一证券监管目标的最优化，但由于与其他金融管理机构处于分割状态，其监管决策未必能达到国家整体金融及经济发展的最佳效果，因此证券监管决策缺乏科学性在所难免。对投资者的保护机制不够完善。
