证券登记结算机构一般具有登记、托管和结算三项职能。所谓登记职能是指证券登记结算机构具有记录并确定当事人证券帐户、证券持有情况及相关权益的职责与功能;所谓托管职能，是指证券登记结算机构具有接受证券商或投资者委托，代为保管证券并提供相应服务的职责与功能;所谓结算职能，是指证券登记结算机构具有协助证券交易的双方相互交付证券与价款的职责与功能。
我国证券登记结算机构履行的职能包括：
1、证券帐户、结算帐户的设立
这是专门为投资者买卖证券而设立的，证券帐户用于记录投资者的买卖证券情况，结算帐户的作用在于证券交易中为买卖双方清算交收服务。证券公司在证券登记结算机构设立帐户，实际上就是证券公司与证券登记结算机构建立了一种服务的关系，登记结算机构为证券公司提供证券交易的有关服务。
2、证券的托管和过户
托管就是证券持有人将其所持有的证券委托证券登记结算机构保管，这样便于交易结算，也比较安全;过户就是根据证券交易清算交收的结果，将证券持有人持有证券的事实记录下来;所用的形式是将一个所有者帐户上的证券转移到另一个所有者帐户上，这种转移是股权、债权的一种转移，它由证券登记结算机构经办。
3、证券持有人名册登记
这是由证券登记结算机构进行股权、债权的登记，它是根据证券交易中结算、交收、过户的结果进行的，这种登记是确定了投资者的权利，并形成了证券持有人名册。
4、证券交易所上市证券交易的清算和交收
这就是在实际履行交易双方的责任，完成一方交付证券，另一方支付价款的过程，这样证券交易才能完成，下一步的交易才能开始并继续。
5、受发行人的委托派发证券权益
一般来说，证券在发行后并上市交易，在投资者之间流动，发行人再难以掌握哪些人持有证券，但是要向股东派发权益，或者向债权人支付利息，那最好的办法就是委托证券登记结算机构依据证券持有人登记名册派发，可以做到准确、便捷，有利于保护投资者利益。
6、办理与上述业务有关的查询
它有一个限定，就是与上述业务有关的事项，这是合理的，也可以说是相关业务的延伸，这是又一项法定的职能。
7、国务院证券监督管理机构批准的其他业务
除了上述7项业务外，还会有一些是证券登记结算机构可以提供的服务，但它需要经过国务院证券监督管理机构的批准。
