从1998—200的10内，上海上海市场历经起步、逐渐发展到高位运行各个阶段，而期间，上海在房地产交易税收的实施上也分为不同的三个阶段。
第一阶段：扶植
2003年以前，上海市对房地产市场基本采取全面扶植的态度。
1994年-2002年，上海实施蓝印户口制度，在上海投资、购买商品住宅或被上海市属单位聘用的外埠来沪人员，可办理蓝印户口。这成为直接掀起购房移民潮的“导火线;1998年，上海实施购房退税政策，凡1998年
6月1日至2003年5月31日间，在上海购房并在上海缴纳个人所得税的中、外籍个人，可享受购房后起算的个人所得税抵扣。实践证明，这一政策确实促使上海楼市进入飞速发展阶段。另外，1999—2002年，对于买卖双方，涉及房地产交易税收的主要大额税种——契税，上海仅按0.75%的优惠税率征收。
相关统计显示，1997年上海住宅销售面积仅617万平方米，1998年达到1057万平方米，1999年则突破了1200万平方米，上海住宅房地产市场开始繁荣。
第二阶段：平稳
从2002年4月1日起，上海市停止受理申办蓝印户口，2003年6月1日开始，实施了5年的购房退税政策也宣告结束。但2002年9月1日，上海房地产税收中仅有的“高额”税种——契税，自房款总额的0.75%调整为1.5%，但仍属于“优惠”阶段。
第三阶段：抑制
从2005年开始，上海楼市进入宏观调控阶段。
2005年3月6日，上海市地税局宣布对个人出售住房的税收政策进行调整，明确个人住房居住不满一年出售，按出售价与原价差额征收5.55%的营业税(含附加税);同年5月11日，建设部等七部委发布《关于做好稳定住房价格工作的意见》，6月1日起，对个人购买住房不足2年转手交易的，按售房收入全额征收营业税;超过2年交易的，销售时免征营业税;对个人购买“非普通住房”超过2年转手交易的，销售时按售价与购买价的差额征收营业税;2006年5月，建设部、发改委、监察部、财政部、国土资源部、人民银行、税务总局、统计局、银监会联合制定《关于调整住房供应结构稳定住房价格的意见》，从2006年6月1日起，对购住房不足5年转手的，销售时按售房收入全额征收营业税;超过5年转手交易的，免征营业税;个人购买“非普通住房”超过5年交易的，销售时按“差额”征收营业税;2006年7月18日，《国家税务总局关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》(108号文件)规定，从当年8月1日起，对个人住房转让所得征收个人所得税，2006年8月，上海市地税局发布相应的《操作意见》，规定“无法出具原值凭证的房产”，普通商品房按全额1%征收，非普通商品房按全额2%征收个人所得税。[page]
2007年6月13日，上海市地方税务局下发通知，从2007年7月15日起，对本市非普通住房的二手房交易征收土地增值税。具体执行方法是，对个人居住满5年的住房出售，免征土地增值税;居住未满3年的，按转让收入的0.5%，“核定”征收土地增值税;居住满3年未满5年的，减半征收。
