虽然说一人公司有其存在的重要价值，但是其存在的弊端也是很明显的：
(一)欠缺对债权人等相关群体利益保护
在当今社会，市场经济十分活跃。一人公司的全部的股份或出资由单一的股东所有，一人公司因为股东的单一无法建立起股东会和监事会对于一人股东行成制约和监督。虽然在市场经济的条件下，风险是不可避免的。但是在一人公司存在的情况下，对于交易相对人不利，使得交易风险更大了，进而影响经济贸易的发展和社会的经济秩序。特别是在一人公司里，公司的财产和一人股东的财产很容易混同。如公司的营业场所和自然人的居所混合使用，全资子公司和母公司的营业场所为同一场所。而且股东往往不严格区分公司财产和个人财产。公司财产被用于个人支出却没有作出记录，或者没有保持完整的公司财产记录，使公司财产往往消失于股东个人的“保险柜”中等，都会导致财产的混同。这样就往往会损害债权人利益。
(二)为股东滥用公司的法律人格制造了机会
一人公司最大的缺点就在于为一人股东实际上控制公司提供了便利。一人公司没有内部机构的制约和监督，毫无牵制的一人股东很可能利用公司的人格从事各种欺诈非法交易、隐匿财产以逃避债务等各种行为，为自己牟取非法利益。
1.自我交易行为。包括了直接的自我交易和间接的自我交易。我国的《公司法》规定了公司的董事、监事、经理等不得为利用在公司的地位和职权为自己谋取私利。但是在一人公司内部，缺乏内部监督，一人股东可以方便的进行诸如公司向股东低价转让商品;公司高价购买股东的货物和服务;公司与公司以外的第三人进行各种使公司利益受到损害的交易，股东再向第三人获取利益等。一人股东进行的各种自我交易损害了公司利益，为自己获得了非法利益，这样会使得公司债权人利益受损。
2.超额的报酬。由于一人股东完全控制了公司，在其成为公司的董事后，可以随意制定出财务方案，以公司的名义为自己支付大量的报酬，从而也带来了危害债权人利益的后果。
3.滥用公司人格以逃避税赋，给国家利益带来损害。特别是在当一人公司拖欠国家税收数目较大时，一人股东很可能借破产来避税，这样就会给国家带来很大的损失。
4.规避法律规定的不作为义务。一般公司法都规定了董事经理的竞业禁止的义务。由于一人股东完全控制了公司，既是股东又是经理，可以顺利进行与公司同业竞争。
