《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发〔2000〕16号）规定，从2000年1月1日起，个人独资企业和合伙企业不再缴纳企业所得税，只对投资者个人取得的生产经营所得征收个人所得税。并且《中华人民共和国企业所得税法》也明确规定个人独资企业、合伙企业不适用本法。因此，对个人独资企业只对其征收个人所得税。
2006年1月实施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我国首次得以确立，一人公司是依照《公司法》成立负有有限责任的法人企业，由于一人公司与其股东是两个不同的法律主体，因此，在纳税时将一人公司与其股东分别对待，即对一人公司征收企业所得税，再对股东分得的税后利润征收个人所得税，实行双重征税。
企业所得税法实施前，内资企业存在着计税工资的限制，在此情况下，因企业所得税的计税工资与个人所得税薪金扣除费用是一致的，所以个人独资企业所得税税负要轻于一人公司税负。
企业所得税法实施后，新税法取消了原对内资企业计税工资的限制，对一人公司投资者的合理的工资支出可以在税前据实扣除，而根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）规定，投资者的费用扣除标准参照个人所得税法“工资、薪金所得”项目的费用扣除标准确定，投资者的工资不得在税前扣除。根据《财政部国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65号）规定其费用标准为每年2.4万元，所以，个人独资企业的所得税税负并不一定始终低于一人公司税负。
例如，某个人独资企业与某一人公司在个人独资企业未扣除投资者费用，一人公司未扣除投资者工资的情况下，年度利润相同，为22.4万元，其个人独资企业应缴纳个人所得税（224000－24000）×35％一6750＝63250元，税负率为63250/224000×100%=28.24%。一人公司的投资者如果每月发放12000元工资，则其投资者个人年度工资薪金收入应缴纳个人所得税［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500元，一人公司年度应缴纳企业所得税（224000－12×12000）×20％＝16000元，投资者个人分回股利收入应缴纳个人所得税（224000－12×12000－16000）×20％＝12800元，个人所得税与企业所得税合计为19500＋16000＋12800＝48300元，一人公司所得税税负为48300/224000×100％=21.56％，一人公司的税负比个人独资企业的税负低6.68个百分点。
从上面的例子可以看出，企业所得税法取消了计税工资限制后，个人独资企业的所得税税负并不一定始终低于一人公司税负，并且一人公司以有限责任公司的形式出现，只承担有限责任，风险相对较小；个人独资企业由于要承担无限责任，风险较大。因此，投资者要综合考虑所得税税负及各方面的因素，选择设立适合自身实际情况的企业组织形式，以实现投资效益的最大化。
