公司的治理机构，即公司的组织机构，能使公司完全按照自己的意愿，独立自主从事市场交易活动，实现公司的自我管理。传统的公司治理结构是建立在公司有多个股东的基础上，公司内部组织机构相对完整，公司三会各司其职，能够有效发挥自身作用，相互监督与制约。
股东会、董事会、监事会这一结构系统是经过长期的实践探索，在奉行资本平等、同股同权，效率优先、兼顾公平，权力明晰、相互制衡原则的基础上确立起来的。通过将公司权力分解给公司内部的三个机构，使各个权力机构之间相互制约与平衡，从而保证公司的良性运转，同时也最大程度的运用制度的力量来限制公司经营管理者滥用权力。然而，一人有限责任公司和普通有限责任公司相比具有其特殊性，即公司的股东只有一人，一人有限责任公司股东的唯一直接导致了公司决策由股东垄断，因此可能导致股东滥用决策权、决策不科学等不利情况出现。和传统公司相比，一人有限责任公司不设监事会，即使公司存在一到两名监事行使监督权也是不可靠和不实际的，因为由于公司监事薪金报酬等方面直接受股东控制，导致公司监事没有动力也不敢行使监督权，所以一人有限责任公司内部的监督权力是名存实亡的。综合以上两点可以看出一人有限责任公司股东可以直接控制公司，单一股东集股东会、董事会、监事会三机构权力于一身，适用于传统公司的内部治理机构对于一人有限责任公司来说则是形同虚设。这种内部监督治理机制的缺失导致一人有限责任公司股东操纵公司，为股东滥用公司法人格提供了便利，公司自治理念失去根基，公司的经营管理完全由股东一人控制，公司自治名存实亡。由于一人有限责任公司与传统公司在股东数量上的差异，普通公司的内部治理结构不能直接生搬硬套在一人有限责任公司上，一人有限责任公司的内部治理结构应当加强对公司股东权力的限制，加强对单一股东的内外部监督，运用制度的力量实现一人有限责任公司健康运行。
1.建立监事会。一人有限责任公司由于股东的唯一性，使得单一股东身兼股东和董事之职，决策权与执行权于一体，公司内部的监事难以有效发挥监督职责，从而容易使股东滥用公司独立人格。因此，笔者建议，必须在一人有限责任公司中设立监事会，在公司内部真正形成能够与股东权力相互抗衡的监督权。为了促使监事会能够有效发挥监督职责，必须对监事会成员身份做出限制。首先，公司股东不得入选监事会成员，不得干预监事会行使监督权。其次，公司员工是公司的重要组成部分，公司的发展状况与他们每个人息息相关，因此必须让公司员工进入监事会，而且必须适当的提高公司员工所占监事会成员比例，可以设定为公司员工人数不低于监事会总人数的三分之一，以提高员工参与公司管理的积极性，形成对公司股东的有效监督。再次，引入独立监事制度，可以委托社会上与公司和股东没有利害关系的第三方，且具有相关专业知识以保证能完成相关工作。独立监事的工资报酬可以委托相关的会计事务所或律师事务所分发，且标明公司不得无故解除独立监事身份，以保证独立监事能独立行使监督权，避免股东干扰。最后，引入浮动监事制度，一人有限责任公司由于自身特殊性，导致公司债权人更加容易受到损害，一人有限责任公司发展状况直接关乎到自己的债权能否实现，因此债权人定会更加认真的监督公司运行，当发现公司做出危害其债权实现的行为时，债权人可以及时拿起法律武器来捍卫自己合法权益，有利于保护债权人的利益。因此在一人有限责任公司监事会中应当有适当比例的债权人代表，以更好保护债权人利益。
2.建立股东个人财产登记制度。《公司法》第59条规定：“一人有限责任公司应当在公司登记中注明自然人独资或法人独资，并在公司营业执照中载明。”这一规定只能表明公司投资主体的身份，不能真正起到防止公司股东财产与公司财产混同的作用。为了避免股东滥用权力，维护债权人利益，笔者建议对一人有限责任公司股东个人财产进行登记，并在每年公司分配利润以后对股东财产及时更新登记，以防止股东个人财产与公司财产发生混同。与此同时，为了保护股东的隐私权，必须严格限制股东个人财产信息的公布范围，只有特定的人(如公司交易相对人、债权人等)经法定程序如向工商局申请、诉讼程序等才可以查询股东的个人财产信息。这种信息披露制度的设计，有助于借助外部的监督力量主要是法院、仲裁委员会等督促股东，防止其将个人资产与公司财产混淆，保护债权人利益。
3.建立提取资本储备金制度。一人有限责任公司损害债权人最常用的方法就是财产混同，将公司财产转移到股东个人财产上，致使一人有限责任公司没有足够的财产来清偿债权人，从而损害债权人利益。04年《公司法》规定一人有限责任公司最低注册资本为10万元，目的是想通过最低注册资本金的设定，尽可能的保护债权人债权实现的可能性，但实践中由于操作性不强，导致债权人利益受损的案例屡见不鲜。而14年的《公司法》更是取消了最低注册资本额的要求，更为一些人开办“皮包公司”大开方便之门，加大了债权人实现债券的风险。从某种程度上来说，一人有限责任公司制度满足了个人投资者承担有限责任降低投资风险的需求，吸引了更多的资金流入投资市场，推动了市场经济的发展。但由于一人有限责任公司内部治理结构的特殊性，公司股东往往成为最大受益者，公司交易相对人和债权人却经常得不到保障。一人有限责任公司经营状况良好时，单一股东可以通过分红或报酬等形式轻松将公司财产转化为股东个人财产，而一旦公司运营状况恶化或者面临破产清算时，股东只需要以其出资额为限承担有限责任，公司破产带来的损失完全由债权人承担。为此，笔者认为，一人有限责任公司决策者的单一性必然导致决策的片面性，与传统公司相比，一人有限责任公司更容易因决策失误或市场把握不准确等因素被市场的洪流所冲垮。[⑥]所以应当规定一人有限责任公司设立时必须留足相当的资金留作储备金，一旦日后出现公司破产、资不抵债的情形时，拿储备金来清产债权人，并且随着公司规模的扩大，应当从公司的利润中适当提取一定的资金来充实资本储备金。通过建立资本储备金制度可以有效防止一人有限责任公司破产时，股东因为有限责任只承担了较小的损失，而让债权人承担公司破产带来的较大的不利后果。借助资本储备金制度的调整，可以有效地平衡一人股东、债权人和公司之间不公平的利益关系，使得各个市场主体在参与经济活动的过程中能够平等的享受权利和承担义务。
