1、发票问题
问题：发票无小事，无论是“股改”过程中发现不合规发票入账的历史遗留问题还是在挂牌后出现的发票问题，都有可能招致“行政处罚”甚至是“刑事处罚”，尤其是“营改增”后，增值税专用发票引发的“刑事风险”无论对公司高管还是公司本身，都具有不可估计的破坏力。
对策：加强公司内部发票的规范性管理，尤其在开具、接收过程中，严格按照发票管理的程序，重点审核“账”、“票”的一致性。
2、个人股东盈余公积、未分配利润转增股本未缴纳个人所得税
问题：“股改”过程中，个人股东将累积的盈余公积、未分配利润转增股本，未按照规定缴纳个人所得税。
对策：按照税法规定，该情形下应视同进行利润分配，需要按照20%的税率缴纳个人所得税。
3、个人以非货币性资产投资未缴纳个人所得税
问题：个人股东以无形资产等非货币性资产投资入股，没有缴纳个人所得税，且已经按照一定年限对无形资产进行了摊销。
对策：根据《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税【2015】41号文)，个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。
4、关联交易定价不合理
问题：部分企业利用关联企业之间的“税负差”转移利润，实现降低税负的目的;
对策：关联交易应按照《企业所得税》以及《特别纳税调整》的规定，提交留存相关资料，以证明定价的合理性。
5、特殊性税务处理未进行备案
问题：企业在进行重组中，适用了特殊性的税务处理，却没有按照规定到主管机关进行备案。
对策：选择特殊税务处理应按《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)第11条规定备案;如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方可向税务机关申请，层报省级税务机关确认。
6、整体改制中的契税、营业税、土增税问题
问题：企业在整体改制中，涉及到大量资产的转让行为，没有按照税法规定缴纳相应的契税、营业税、土地增值税等。
对策：依照税法规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。根据《关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》(财税〔2015〕5号)，符合条件的四种情况暂不征收土地增值税。
7、消除同业竞争，未进行税务注销
问题：企业挂牌新三板前，为了消除同业竞争问题，对部分项目公司进行了注销，却没有进行税务注销。
对策：企业应该按照规定，及时进行税务注销，进而进行工商注销，从法律上消灭主体资格。
8、税收迁移问题
问题：企业为了享受区域性的税收优惠，实施了税收迁移，但是企业法人营业执照、实际办公地址、税务登记证存在不一致的情形。
对策：企业应该尽快按照工商、税务部门的要求，实现营业执照、税务登记等的一致性。
9、税务优惠资格存疑
问题：企业取得税收优惠资格(如高新技术企业等)后，管理不规范，没有按规定提交相应的备案等材料。
对策：挂牌前，企业已经取得的税收优惠资格，比如高新技术企业、双软企业等，应该符合国家相关法律、文件的要求，获得相应的批准，进行备案，以保证税收优惠资格的有效性。
10、存在欠税问题
问题：挂牌前，公司存在欠缴税款行为。
对策：及时申报缴纳税款是企业的应尽义务，如果企业因为特定的原因不能及时缴纳税款，可以按照规定申请延期缴纳税款，否则，会受到相应的行政制裁，并会成为挂牌新三板的障碍。
11、存在补税行为
问题：部分企业挂牌前为了提高的账面利润，调增利润，从而补交税款，还有因为会计差错补交税款。
对策：企业挂牌前补交大量税款，需要有合理的说明，否则会构成挂牌新三板的障碍因素。而对于因会计差错，不交少量的税款，一般不会影响新三板挂牌。
12、存在逃税行为
问题：公司在以往的经营过程中存在偷逃税的行为。
对策：具有主观故意的偷逃税行为，会构成“新三板”审核中的实质性障碍，应避免偷逃税的发生。
13、因涉税事项被税务机关处罚
问题：企业因为违法相关税法规定，被税务机关行政处罚。
对策：应判断处罚行为是否构成重大违法违规行为，具体需要结合主观方面、涉案的金额等作出判断，由律师出具法律意见书，税务机关出具证明。
14、其他涉嫌税收重大违法违规行为
问题：因其他涉税事项受到税务机关的行政处罚。
对策：需要结合具体的情形，作出是否构成重大违法违规的判断，并由律师出具法律意见，税务机关出具证明材料。
15、股权代持税务问题
问题：基于特定的原因，公司存在代持股的情形。
对策：在不构成经营障碍的前提下，应做到股权的实名制，如果客观上需要代持股，代持股协议应明确双方的权利义务，代持人应该按照规定依法缴纳税款。
16、存在税务争议
问题：公司在挂牌过程中，与税务机关存在税务争议。
对策：与发达国家相比，我国的税收立法层级较低，上位法简单，包容性小，在税收征管中大量部门规章、内部规范性文件在实际发挥作用，由此带来税务机关执法的自由裁量权过大;另一方面，从实践中看，一些违背税法原理、侵害纳税人合法权益的案例时有发生。如果企业的合法权益确实受到侵害，可以寻求专业税务律师的帮助，通过专业的税法分析和有效的沟通化解争议。
17、股权激励涉税事项不合规
问题：股权激励计划中，没有按照税法规定缴纳代扣代缴个人所得税，或者实施了过于激进的税务筹划方案。
对策：依据目前我国税收政策，股权激励应适用个人所得税“工资薪金”的税目，公司应代扣代缴个人所得税。
18、过于激进的税务筹划方案
问题：公司在经营过程中，税务筹划方案缺少合理商业目的，过于激进。
对策：税务筹划需要有相应的商业目的，需要有相应的证明材料，否则会按照实质课税的原则，而被纳税调整。
19、未进行股权及税务架构设计
问题：投资者由于没有事前进行税务架构的优化，而在投资退出时，缴纳了25%的企业所得税，以及20%的个人所得税。
对策：我国为了发展中西部地区经济，鼓励产业转移，国家及省、市、县各层面已经出台了许多税收优惠政策和财政补贴政策，公司可以事前优化税务架构，以降低经营，尤其是投资退出的税负。
20、个人股东股权转让未及时申报缴纳个人所得税
问题：公司个人股东发生的股转转让等行为，没有按照税法的规定及时缴纳个人所得税。
对策：2014 年12月7日，国家税务总局发布了《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国税总局公告2014年第67号)并自2015年1月1日起施行，按照 67号文规定，当股权转让协议签订生效后，纳税义务即产生，而无论此时是否已经收到股权转让款。此时扣缴义务人和纳税人应当在次月15日内向主管机关申报纳税。
21、资本交易的税务风险
问题：股权交易中的历史遗留税务问题，缺少筹划背景下税负成本阻碍交易的进行;没有及时按规定申报纳税;间接股权转让被纳税调整等等。
对策：资本交易涉及金额巨大，隐藏的税务风险众多，从2011年以来，资本交易一直是国家税务总局公布的“指令性”稽查项目，尤其，2015年一季度，全国税务部门组织税收收入27121亿元(已扣减出口退税)，比上年同期仅增长3.4%。据悉，国家税务总局将于今年5月份发起针对金融行业的税务大检查。具体应对包括三个方面，第一，在进行重大资本交易前应做税务尽职调查;第二，应事前对交易的架构和方式进行税务筹划;第三，应提高日常税务风险管理意识和水平。
22、股权转让印花税
问题：企业或个人转让股权未按照要求缴纳印花税。
对策：与企业股东的处理一致，自2014年6月1日起，在全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
总结：
部分新三板企业由于长期经营的不规范，存在“内外账”等情形，涉税事项管理粗放，需要全面优化税务管理事项。与此同时，国家针对新三板的税收立法也在不断健全。已经出台了印花税、个人股息红利的税收政策，对于其他具体事项并未予以明确;按照国务院出台的文件精神，可以参考对沪深两市投资者已经出台的有关税收政策。需要指出的是，近年来，股权转让引发的税务争议越来越多，新三板交易双方需要在交易前明确应该履行的纳税义务，同时，交易双方在不违反国家法律、法规规定的前提下，可以进行一定税务筹划，以降低交易税负。
