1、结构化分层基金产品较多
传统投资于Pre-IPO企业的私募股权基金，一般多采用平层结构，不进行结构分层，各个投资者按照出资比例共享收益，共担风险。目前的新三板基金，尤其是投资于挂牌公司的产品，采用优先、劣后或者优先、中间、劣后进行结构化分层设计的较多，各个投资者在基金中处于不同的风险地位，因此所享有的投资收益亦有所区别。在采用优先、劣后分级的结构化产品中，通常约定优先、劣后级投资者之间按照一定的比例出资。在收益分配、亏损承担方面，如果产生超额收益，由优先级与劣后级投资者按照约定比例分享;若发生投资亏损，先行以劣后级投资者本金承担，适度降低优先级投资者的投资风险。
例如财通基金发行的“佰睿吉新三板分级1号”专户产品中，分级比例为5:1，亏损在16.7%以内，先亏B级，直到B级全部亏空;但是收益率向B级倾斜：低于20%(含)，A级B级按出资额分配收益;收益率20%-50%(含)，B级提取40%，A级提取60%;收益率50%以上，B级提取60%，A级提取40%;超额收益累进提取。
2、契约型基金越来越普遍
在私募基金领域，出于税负、登记公示等考虑，私募股权投资基金采用有限合伙企业形式的较多。但是，随着《私募投资基金监督管理暂行办法》(“《管理办法》”)颁布实施，私募基金管理人能够直接发行契约型私募基金，不再需要办理工商登记手续，因此，契约型私募基金在新三板市场上的运用越来越广泛与普遍。此外，基金管理公司及其子公司管理的产品、证券公司集合资产管理计划、集合资金信托计划等产品，本身亦属于广义的契约型基金。而在主板IPO市场上，以契约型基金作为发行人股东的案例尚未出现。
3、既可是标准化产品也可为非标产品
依据被投资公司是否完成挂牌为时点划分，新三板基金的投资方式主要有两种：一是投资于挂牌前公司，类似于传统投资Pre-IPO企业的私募股权投资基金，亦可称为Pre-挂牌公司;二是投资于已挂牌公司，新三板基金多通过参与挂牌公司定向增发的方式，对挂牌公司进行投资。
新三板基金投资Pre-挂牌公司，与投资Pre-IPO企业类似，在开展投资前，一般都需要对标的公司进行法律、财务、业务等方面的尽职调查。尽职调查结果令基金认可后，再起草、商定投资协议等法律文件，在各金融机构的产品体系中属于非标准化业务。
而基金投资于挂牌公司则有所不同，由于挂牌公司本身的业务、财务等信息均会定期公开披露，投资方能够较为便捷地获悉标的公司的具体情况，信息不对称程度相对较低，投资流程更为简便和标准化，在各金融机构的产品体系中属于标准化业务。
4、基金投资期限通常较短
目前市场上常见的新三板基金产品，如基金公司的专户产品、证券公司资管计划、信托计划等，多投资于挂牌公司，参与挂牌公司的定向增发。由于定增取得的挂牌公司股票，相比于挂牌前公司股权，流动性较高，退出方式更为灵活，因此基金产品的期限一般较短。例如前文所述的财通基金“佰睿吉新三板分级1号”专户产品，产品期限为1+1年。
如果基金既参与挂牌公司定增，亦有意于投资挂牌前公司股权的，基金投资期限通常则会较长。这主要考虑基金投资的Pre-挂牌公司，进行改制、挂牌或者被收购，实施过程均需要一段时间。基金期限如果过于短暂，可能难以等到基金退出的最佳估值期。例如笔者参与设立的“东方嘉实新三板基金”，设置了3年的投资期与2年的退出期。基金主要参与挂牌公司的定增;如果遇有良好发展前景的挂牌前公司，亦会进行挂牌前股权投资。
