一、新三板项目实质障碍
(一)存续期未满两个会计年度
《全国中小企业股份转让系统业务规则(试行)》要求拟挂牌公司依法设立且存续满两年。
如果拟挂牌公司成立不足两年，仅是找了一个空壳公司对拟挂牌公司进行收购，其容易被认为刻意规避“依法设立且存续满两年”的条件而遭劝退。
(二)不适宜挂牌行业
《全国中小企业股份转让系统业务规则(试行)》明确指出，股份有限公司申请股票在全国股份转让系统挂牌，不受股东所有制性质的限制，不限于高新技术企业，但是否果真什么行业都可以在新三板挂牌呢?也不尽然。
虽然业务规则明确拟挂牌公司不受行业、所有制的限制，但是涉及房地产、P2P、众筹等特殊、敏感行业，违背传统道德观念、违背公序良俗的行业，建议在申报之前与全国股份转让系统进行充分预沟通，在征求股转系统意见后再行准备，不可贸然申报。P2P、众筹最近是否会放开倒是值得期待。
(三)资质存瑕疵
在某些特殊行业或者特定企业模式中，企业的生产经营需要主管部门颁发的特定资质证书才能够正常经营。如果企业的生产经营过程中，企业存在无资质经营或者超越资质要求经营的情形，那么企业的生产经营也会存在重大不确定性甚至存在违规的可能。例如互联网彩票销售行业。
(四)不具有持续经营能力
持续经营能力是指公司基于报告期内的生产经营状况，在可预见的将来，有能力按照既定目标持续经营下去，在报告期内应有持续的营运记录，不应仅存在偶发性交易或事项。营运记录包括现金流量、营业收入、交易客户、研发费用支出等，且公司不存在《中国注册会计师审计准则第1324号——持续经营》中列举的影响其持续经营能力的相关事项。企业若没有正常营业记录的，除非特殊行业，否则很难不被劝退。
(五)会计基础薄弱，涉税事项较多
如前所述，“新三板”未对申请挂牌设置任何财务门槛，仅在《挂牌条件指引》中要求公司“应设有独立财务部门进行独立的财务会计核算，相关会计政策能如实反映企业财务状况、经营成果和现金流量”。
一些准备在新三板挂牌的企业，纳税报表经常显示亏损，但是实际情况可能并非如此，原因就在于老板不想一下子体现很多利润。
对于拟申请挂牌的企业，其最近两年一期的财务报告应经具有证券期货从业资格的会计师事务所审计，对财务规范性提出了一定要求。
财务报表和审计报告需要真实准确反映企业生产经营的具体情况，因而从规则上讲，不论是虚增业绩还是隐藏业绩都是违反了审计报告的真实性原则。
(六)不规范情况过多
新三板审核要求确实比IPO宽松很多，但企业规范性过差，也是难逃被劝退的命运。例如：股东特别是控股股东、实际控制人持有公司的股份存在股权代持;企业存在出资不实且有违诚信的情形;重大诉讼;资产存在不确定性;环保、质量、安全、土地违规事项;关联方资金占用;关联交易明显不合理;明显隐藏关联方等情况。这些事项单方面比较难构成致命事项，但积少成多任何一个瑕疵都可能成为压倒项目的最后一根稻草。
