特许经营合同纠纷在实践审理过程中，绝大多数的法院将其纳入知识产权庭处理。因此判定合同性质，将其与品牌商品的买卖合同纠纷，或者商标、专利或其他专有技术、商业秘密等的特许使用合同纠纷区别，直接关系其法律适用。
根据《特许经营管理条例》的规定，特许经营需要有四个要素：一是特许人与被特许人之间是以合同的形式来确定关系的;二是特许人是将自己有权支配使用的注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源许可被特许人使用;三是被特许人在统一的经营模式下开展经营;四是被特许人向特许人支付特许经营费用。
因此，判定合同的性质是否为“特许经营合同”应从如下几个特征入手：
一、合同标的是否包含注册商标、企业标志等经营资源。这是商业特许经营区别买卖等法律关系最主要的一个方面。现代商业特许经营合同的标的都离不开注册商标、企业标志等经营资源。《条例》中未将单纯的产品规定为一种经营资源，是因为仅提供产品无法区别于买卖。商业特许经营的分类包括商品商标特许经营(即产品和品牌特许经营)、生产特许经营、专利及商业秘密特许、商业模式特许经营等等。我们注意到，即使是“商品商标特许经营”这种最接近于买卖的形式，也和买卖存在本质区别。买卖合同中的，作为合同标的的品牌商品，其产品的商标和产品是一个整体，而“商品商标特许经营”中，商品和和商标是分开使用的，也可合在一起使用。二合同的标的、内容和责权义是完全不一样的。
二、合同是否约定采用统一的经营模式，并由特许人持续提供后续服务，即给受许人指导、协助，支持。统一化、规范化、标准化是特许经营的主要特征，也是特许经营体系维护品牌形象、提供规范化、一致性服务的保证。持续的后续服务主要包括业务培训、物流配送、广告宣传、售后服务等。
三、 合同内容是否包括被特许人向特许人支付特许经营费用。特许经营费用包括特许经营初始费(加盟费)、持续费(包括特许权使用费、市场推广及广告基金)以及其他费用(履约保证金、品牌保证金、培训费、特许经营转让费、合同更新费、设备费、原料费、产品费)等。特许经营费用是在特许经营关系的存在过程中，为使特许经营能成功进行，受许人需要向特许人上缴的费用，也是获取该特许经营资源的对价。其与合买卖同的产品之对价性质是不同的。特许经营费用的性质不一样，合同发生异常终止履行时，其处理的方式也不尽相同。如撤销合同时，加盟费应予以返还;保证金、广告费则依约处理，货款则根据不同的情形予以抵减或部分返还等。[page]
综上，只有合同同时具备了上述条件的，才能将其定性为“特许经营合同”，才能依据《特许经营管理条例》等行政法规进行审理。否则应依照《合同法》、《商标法》、《专利法》及其实施细则等予以认定，以确定各方当事人责权义。
