特许经营企业实际上出售的是商标、商号、专利、专有技术等一系列知识产权的使用权，因此对于特许盟主来说，加强知识产权保护尤为重要。
1、商标专用权的保护
特许经营企业应注册自己的商品商标和服务商标，同时还可注册和主商标近似的商标，以防止他人假冒自己的商标。如著名的娃哈哈企业，不仅注册了“娃哈哈”商标，还注册了“哈哈娃”、“哈娃娃”等近似商标，使图谋傍名牌者无空可钻。为了加强商标的保护力度，特许企业可申请认定省级著名商标或全国驰名商标。
2、规范连锁店名称，防范经营风险
根据国家工商行政管理局发布的《企业名称登记管理条例》的规定，不能独立承担民事责任的企业分支机构，其企业名称缀以“分公司”、“分厂”、“分店” 的字样。也就是说，凡是有“分公司”、“分厂”、“分店”字样的企业，其民事责任由总公司、总厂、总部承担。业内人士发现，国内众多特许经营企业的连锁店均冠以分店字样，这对特许盟主即连锁总部有很大风险，一旦连锁店出现纠纷，总部就可能承担民事责任。对第三人来说，判定企业是否是分支机构是靠企业的名称来判断的，一旦企业标明“分公司”、“分厂”、“分店”字样，总公司、总厂、总部就应对分支机构的行为承担民事责任，即使总公司、总厂、总部和分支机构在合同中约定分支机构独立承担责任也不能对抗善意第三人。据业内人士所知，就有一些特许经营总部因加盟商冠以分店名称而遭受巨大损失。因此，业内人士认为，作为补救措施，律师可建议特许经营总部对连锁店名称予以规范，并重新签定加盟合同、重新办理工商登记、重新刻制公章、重新签定房屋租赁合同，同时更换门头及其他带有分店标志的物品。
3、加强商业秘密的保护
特许经营企业要长期立足市场，必须加强商业秘密的保护。商业秘密包括经营技术、购货渠道、专有技术等。特许经营总部应和加盟商及掌握商业秘密的其他人员如厨师、中层干部等签定保护商业秘密协议，约定他们无论何种原因从特许经营总部或企业离职后的一定期限内(如两年)不得独资或合伙开办与特许总部相同的企业，也不得受聘到这类企业工作。
