新《公司法》对外商投资的公司适用原则作了调整，第二百一十八条规定：“外商投资的有限公司和股份有限公司适用本法，有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定”。
新《公司登记管理条例》第八十七条规定：“外商投资的公司的登记适用本公司登记管理条例。有关外商投资企业的法律对其登记另有规定的，适用其规定”。两相对比，《公司法》第二百一十八条在适用范围上增加了“股份有限公司”，《公司登记管理条例》第八十七条删除了“行政法规”四字，这是带有方向性、实质性的调整。
按照上述规定，外商投资的公司适用《公司法》和《公司登记管理》的原则，一是，外商投资的公司，包括有限公司和股份公司的登记管理适用《公司法》和《公司登记管理条例》。对《公司法》、《公司登记管理条例》和外资三法规定一致的内容，外商投资的公司都适用。
对《公司法》和《公司登记管理条例》有规定，而外资三法没有规定的，外商投资的公司也适用《公司法》和公司登记管理条例的规定。二是，有关外商投资企业的法律另有规定的，适用其规定。对于《公司法》、公司登记管理条例与外资三法规定不一致的内容，按照特别法优于普通法的原则，应按照外资三法的规定办理。
对《公司法》没有规定而外资三法作了规定的内容，按照特别法优于普通法的原则，也应按照外资三法的规定办理。三是，《公司法》、《公司登记管理条例》以及有关外商投资企业的法律没有规定的，适用有关外商投资企业的行政法规、国务院决定和国家工商行政管理总局的其他规定。《公司法》和《公司登记管理条例》的修改，并不直接影响其他法规的效力，这些法规并未废除，也未失效，可以作为补充使用的登记管理法律依据。但其内容必须是《公司法》、《公司登记管理条例》和外资三法没有规定且与《公司法》、《公司登记管理条例》和外资三法的规定不冲突的。
