1、主体和客体不同。股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。
2、两者的负债风险不同。股权收购后，收购公司成为目标公司控股股东，收购公司仅在出资范围内承担责任，目标公司的原有债务仍然由目标公司承担，但因为目标公司的原有债务对今后股东的收益有着巨大的影响，因此在股权收购前，收购公司必须调查清楚目标公司的债务状况。对于目标公司的或有债务在收购时往往难以预料，因此，股权收购存在一定的负债风险。而在资产收购中，资产的债权债务情况一般比较清晰，除了一些法定责任，如环境保护、职工安置外，基本不存在或有负债的问题。因此资产收购关注的是资产本身的债权债务情况。
3、两者还存在税收方面的差异。在股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司的股东，而与目标公司无关。除了合同印花税，根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》的规定，目标公司股东可能因股权转让所得缴纳所得税。资产收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司。
