信用风险是短期融资券市场发展过程中面临的核心问题，必须正确看待和处理。
首先，我们应该认识到信用风险的客观性，要发展非政府债券市场，信用风险问题就不可回避。因此，不能期待短期融资券是一个没有信用风险的金融产品。如果信用评级机构已经给出了正确的标识、投资者有承受的能力和准备，发行时并不违反发行规则，那么出现部分短期融资券违约的风险就是正常的，是市场允许的。在直接融资方式下，这种风险是在公开、公正、公平的情况下由众多投资者分担，而不是集中到银行体系，不透明，形成潜在的金融风险。
其次，信用风险应主要通过市场化手段由市场加以消化和解决。如果短期融资券采用行政审批的方式，主要依靠管理层对发行人资质的严格审查来防范，就会抑制市场的发展。
第三，引导不同性质投资者以不同方式应对信用风险。市场中有机构投资者和个人投资者，前者风险意识和风险承受能力相对较强，后者在风险判断、风险承受能力上较弱。管理层在投资人市场准入上应区别对待，将信用风险的冲击减少到最小，先期只允许合格的机构投资者参与短期融资券，对个人投资者鼓励其通过基金、集合理财产品等间接投资短期融资券市场。
短期融资券对银行总体而言是“利空”，道理很明显，优质客户本来就是银行贷款发放最为信赖的对象，现在却有部分客户的融资通过发行短期融资券来解决了。一般而言，企业有一家基本开户行和多家普通开户行。通过担任主承销人，原来游走于合作边缘的普通开户行加深了与发行人的关系，乘机拓展业务范围，甚至有可能实现身份由次到主的转变。
从本质上讲，短期融资券的推出有利于商业银行改变现有的运作模式，提高市场化运作水平，是以外部力量推动商业银行改革。而如果没有在短期贷款利率方面进一步改革的“内部力量”，商业银行的盈利模式创新，金融创新也会面临诸多困难。
